Note ABES Vers une étude approfondie des protéomes : caractérisation des extrémités N-terminales des protéines Towards an in-depth analysis of proteomes : characterization of protein n-termini Protéomique Protéolyse Clivage protéomytique Modifications post-traductionnelles TMPP Mitochondrie Plasmodium falciparum Paludisme Proteomics Proteolysis Protease cleavage Post-translational modifications TMPP Mitochondria Plasmodium falciparum Long term fasting 572.6 Protéines Protéomique Diète Rats de laboratoire Dans ce travail de thèse, nous avons développé et optimisé une stratégie originale pour la caractérisation des extrémités N-terminales des protéines et des sites de clivages protéolytiques. Elle s’appuie sur la dérivation chimique spécifique des amines N-terminales et nous l’avons adapté à différents types d’échantillons biologiques. L’application de cette stratégie dans des études en biologie nous a permis d’apporter plusieurs éléments de réponse à différentes problématiques. Nous avons ainsi caractérisé les peptides de transit des protéines mitochondriales humaines et ainsi validé/corrigé expérimentalement leurs prédictions dans les banques de données. Nous avons aussi appliqué cette stratégie à l’étude du protéome du parasite P. falciparum. La mise au point de la dérivation N-terminale de protéines immobilisées dans un gel SDS PAGE nous a permis d’étudier le mécanisme d’export des protéines de ce parasite vers sa cellule hôte et de déterminer le rôle des acides aminés impliqués dans cet export. Un réactif de dérivation marqué aux isotopes stables permet d’effectuer des études différentielles des processus protéolytiques que subissent les protéines. Cette stratégie quantitative a été appliquée à l’étude du protéome hépatique du rat soumis au jeûne expérimental. D’autres applications de l’analyse protéomique en biologie sont aussi présentées dans ce manuscrit. In this manuscript, we describe the development and the optimization of an original strategy for the characterization of protein N-termini and protease cleavage sites. The strategy is based on specific chemical derivation of alpha-amines. We applied this method to the characterization of mitochondrial proteins’ transit peptides which allowed us to experimentally validate/correct their prediction in protein databases. In another study, the strategy was applied to the analysis of the proteome of the malaria parasite Plasmodium falciparum. The optimization of ingel N-terminal derivation and its application to the study of parasite exported proteins allowed us to determine the role of implicated amino acid residues in the signaling and export mechanism of these proteins to the host cell. To enable differential studies of proteolysis, we introduced an isotope labeled derivation reagent. This quantitative method was applied in the context of a study of the rat liver proteome after experimental long-term fasting. Other applications of proteomics in biology are also presented in this manuscript. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 29016884 Université de Strasbourg Strasbourg 2013-12-31 https://theses.hal.science/tel-00855301 application/pdf 28483280 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2012/Ayoub_Daniel_2012_ED222.pdf http://www.theses.fr/2012STRAF035/abes https://theses.hal.science/tel-00855301 https://theses.hal.science/tel-00855301 https://theses.hal.science/tel-00855301 https://theses.hal.science/tel-00855301 Ayoub Daniel 1984-10-15 LB 166816221 40614070 https://theses.fr/2012STRAF035 2012STRAF035 https://doi.org/10.70675/83568be9z06c4z4538z93cfzd6a1db6f5584 2012-09-25 Chimie analytique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Van Dorsselaer Alain MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 069815070 Wagner Alain MADS_PRESIDENT_DU_JURY 127880518 Lanzer Michael MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 181617617 Tortajada Jeanine MADS_RAPPORTEUR_1 103673148 Schmitter Jean-Marie MADS_RAPPORTEUR_2 076134652 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 CH 156504081 Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157760502 93777 ddc:570 Van Dorsselaer Alain Wagner Alain Lanzer Michael Tortajada Jeanine Schmitter Jean-Marie École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg) PDF 29016884