Note ABES Vers une meilleure connaissance de la spécificité des interactions protéiques dans la signalisation cellulaire - les domaines PDZ au centre des approches informatiques et expérimentales Towards a better understanding of protein interaction specificities in cell signalling - PDZ domains in the spotlight of computational and experimental approaches PDZ Interaction protéique Spécificité Contexte de séquence Prédiction PDZ PDZ-PBM interactions 572.8 Interactions protéine-protéine Protéines G Séquençage des acides aminés Domaines PDZ Dissertations académiques Les domaines PDZ reconnaissent des motifs C-terminaux (PBMs), à l'origine de nombreuses interactions qui sont souvent impliquées dans la régulation de la polarité cellulaire. Dans cette thèse, nous avons étudié divers aspects de la spécificité des interactions PDZ-PBM. Nous avons mis en évidence les faibles performances de deux prédicteurs d'interaction entre PDZs et PBMs, considérés sous leurs formes les plus courtes. Ensuite, nous avons développé des protocoles basés sur les méthodes BIAcore et HoldUp pour valider expérimentalement et à grande échelle des prédicteurs d'interaction PDZ-PBM et pour étudier l'influence du contexte de séquence (comme les séquences flanquantes ou les domaines voisins) des PDZs et des PBMs sur l’affinité et la spécificité de leurs interactions. Nous avons identifié des interactions potentielles impliquant les protéines humaines à PDZ MAGI1 et SCRIB soulignant leur implication dans les réseaux de signalisation des protéines G. Une revue de la littérature, combinée avec nos propres résultats, a révélé des mécanismes par lesquels le contexte de séquence influence les affinités et spécificités des interactions impliquant les PDZs. Nous avons discuté ces mécanismes dans une revue publiée. Les connaissances obtenues à partir de cette thèse pourront influencer positivement de futures études sur les interactions PDZ-PBM, en particulier, et sur les interactions domaine-motif linéaire en général. PDZ domains recognize C-terminal PDZ-binding motifs (PBMs) thereby mediating protein interactions that are often involved in cell polarity regulation. In this thesis, we studied under various aspects the specificity of PDZ-PBM interactions. We identified weak performances of two published predictors for interactions between core PDZ domains and short PBMs. Next, we developed protocols based on BIAcore and HoldUp to experimentally validate on a large scale predicted PDZ-PBM interactions and to study the influence of sequence context (e.g. flanking regions or neighbouring domains) of PDZs and PBMs on their interaction affinity and specificity. We identified new potential interactions involving the human PDZ proteins MAGI1 and SCRIB underpinning their implication in G protein signalling pathways. A literature survey combined with our own findings reveal structural mechanisms, by which sequence context influences PDZ interaction affinities and specificities. We have discussed those in a published review. Insights gained from this thesis may positively impact future studies on PDZ-PBM interactions in particular and on domain-linear motif interactions in general. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 46524612 Université de Strasbourg Strasbourg 2013-12-31 https://theses.hal.science/tel-00813491 application/pdf 46418753 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2012/Luck_Katja_2012_ED414.pdf http://www.theses.fr/2012STRAJ083/abes https://theses.hal.science/tel-00813491 https://theses.hal.science/tel-00813491 https://theses.hal.science/tel-00813491 https://theses.hal.science/tel-00813491 Luck Katja 1984-03-02 FR 168733005 40813353 https://theses.fr/2012STRAJ083 2012STRAJ083 https://doi.org/10.70675/4bb189f0z9225z4c16zb8dazddb652b5dd8f 2012-10-19 Bioinformatique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Travé Gilles MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 060911735 Cesareni Gianni MADS_PRESIDENT_DU_JURY Dejaegere Annick MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 Wolff Nicolas MADS_RAPPORTEUR_1 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Biotechnologie et signalisation cellulaire (Strasbourg ; 2011-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 FRE 3211 157715205 207563 ddc:570 Travé Gilles Cesareni Gianni Dejaegere Annick Wolff Nicolas École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Biotechnologie et signalisation cellulaire (Strasbourg) PDF 46524612