Note ABES Development of novel droplet-based microfluidic strategies for the molecular diagnosis of cancer Développement de nouvelles techniques de microfuidique en gouttes pour la détection des biomarqueurs de cancer Microfluidique en goutte Biomarqueurs de cancer PCR digital Droplet microfluidics Cancer biomarkers Digital PCR 660.63 572.8 Marqueurs tumoraux Microfluidique Côlon Cancer Cancer -- Diagnostic Le cancer constitue un problème majeur de santé publique en France. La nécessité de disposer d’un test capable de détecter très précocement une tumeur, avant même qu’elle ne soit décelable par l’imagerie (et surtout avant les métastases) ne fait pas doute. Pour l’heure, la voie la plus prometteuse pour détecter la maladie demeure la mise au point des tests simples, fiables, rapides et hautement sensibles, reposant sur le dosage de marqueurs génétiques (des biomarqueurs). Nous avons développé une procédure non-invasive, innovante et au moins 1000 fois plus sensible que les méthodes actuelles (0,0005% de séquences mutées détectées parmi un excès de séquences non-mutées), pour le criblage des biomarqueurs spécifiques des cancers. Elle peut facilement être utilisée pour le diagnostic, le pronostique ou la prédiction des procédures de gestion clinique des patients souffrant du cancer colorectal et par après pour les patients souffrant d’autres types de cancer. Cette méthode est basée sur l’utilisation des millions de microgouttelettes en tant qu’autant de bioréacteurs indépendants. Apportant ainsi la possibilité d’analyse chaque molécule d’ADN indépendamment, elle permettra de détecter spécifiquement une minorité de séquences mutantes au sein d’une forte quantité de séquences non mutées et avec un débit important. Nous avons développé cette stratégie pour la détection des mutations de l’oncogène KRAS (responsables des non-réponses aux thérapies ciblées) et nous l’avons validé avec la détection de mutations KRAS dans les échantillons de plasma sanguin et de tumeur des patients atteints d’un cancer colorectal métastatique. Notre méthode trouvera son utilité non seulement dans le domaine du diagnostic précoce des cancers, mais aussi dans cas de la prédiction de la réponse aux traitements ciblés grâce à la détection de biomarqueurs spécifiques. The aim of this work is to establish novel strategies for the highly sensitive screening of cancer biomarkers in biological samples.To achieve this goal, we developed droplet-based microfluidic dPCR technique. Using a limiting dilution, individual DNA molecules are encapsulated within monodisperse droplets of a water-in-oil emulsion created with a microfluidic device. Fluorescent TaqMan® probes targeting the screened cancer biomarkers allow the detection of mutations. We focused on the mutations in the human KRAS gene for the development of our test. This method is also transposable in a multiplexed format for the parallel detection of multiple mutations in clinical samples.The developed technique allowed the precise quantification of a mutated KRAS gene in the presence of a 200,000-fold excess of un-mutated KRAS genes and enabled the determination of mutant allelic specific imbalance (MASI) in several cancer cell-lines. We validated our technique by screening for KRAS mutations in the blood plasma and tumor samples from patients with metastatic colorectal cancer. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 187867842 Université de Strasbourg Strasbourg 2013-12-31 https://theses.hal.science/tel-00856594 application/pdf 187457492 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2013/PEKIN_Deniz_2013_ED222.pdf http://www.theses.fr/2013STRAF007/abes https://theses.hal.science/tel-00856594 https://theses.hal.science/tel-00856594 https://theses.hal.science/tel-00856594 Pekin Deniz 1983-10-17 TR 168360470 40300925 https://theses.fr/2013STRAF007 2013STRAF007 https://doi.org/10.70675/785a109dz5995z404az9b26z4a528b7fe7af 2013-02-26 Chimie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Taly Valérie MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 161486983 Gué Anne-Marie MADS_PRESIDENT_DU_JURY 074154184 Gaub Marie-Pierre MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 07598461X Sobhani Iradj MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 052608425 Baroud Charles MADS_RAPPORTEUR_1 13686077X Legac Séverine MADS_RAPPORTEUR_2 230534449 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 CH 156504081 Institut de science et d’ingénierie supramoléculaires (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 UMR 7006 157760227 207480 ddc:660 ddc:570 Taly Valérie Gué Anne-Marie Gaub Marie-Pierre Sobhani Iradj Baroud Charles Legac Séverine École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut de science et d’ingénierie supramoléculaires (Strasbourg) PDF 187867842 confidentialité 2013-02-26 2013-09-01 confidentialité 2013-02-26 2013-09-01 restriction 2013-02-26 2013-09-01 confidentialité 2013-02-26 2013-09-01 confidentialité 2013-02-26 2013-09-01