Note ABES L'analyse structurale de complexes protéine/ligand et ses applications en chémogénomique Structural analysis of protein/ligand complexes and its applications in chemogenomics Chémoinformatique Chémogénomique Bioinformatique Profilage Criblage virtuel Site de liaison Interactions protéine/ligand Bioisostères Interactions non-covalentes Chemoinformatics Chemogenomics Bioinformatics Virtual screening Binding sites Binding modes Bioisosteres Non-covalent interactions 572.8 Protéines Ligands (biochimie) -- Fixation Criblage pharmacologique Chémogénomique Bioinformatique Comprendre les interactions réalisées entre un candidat médicament et sa protéine cible est un enjeu crucial pour orienter la recherche de nouvelles molécules. En effet, ce processus implique de nombreux paramètres qu’il est nécessaire d’analyser séparément pour mieux comprendre leurs effets.Nous proposons ici deux nouvelles approches observant les relations protéine/ligand. La première se concentre sur la comparaison de cavités formées par les sites de liaison pouvant accueillir une molécule. Cette méthode permet d’inférer la fonction d’une protéine mais surtout de prédire « l’accessibilité » d’un site de liaison pour un médicament. La seconde tactique se focalise sur la comparaison des interactions non-covalentes réalisées entre la protéine et le ligand afin d’améliorer la sélection de molécules potentiellement actives lors de criblages virtuels, et de rechercher de nouveaux fragments moléculaires, structuralement différents mais partageant le même mode d’interaction. Understanding the interactions between a drug and its target protein is crucial in order to guide drug discovery. Indeed, this process involves many parameters that need to be analyzed separately to better understand their effects.We propose two new approaches to observe protein/ligand relationships. The first focuses on the comparison of cavities formed by binding sites that can accommodate a small molecule. This method allows to infer the function of a protein but also to predict the accessibility of a binding site for a drug. The second method focuses on the comparison of non-covalent interactions made between the protein and the ligand to improve the selection of potentially active molecules in virtual screening, and to find new molecular fragments, structurally different but sharing the same mode of interaction. Electronic Thesis or Dissertation Text fr en PDF 14642524 Université de Strasbourg Strasbourg 2014-12-31 https://theses.hal.science/tel-00997394 application/pdf 8972845 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2013/DESAPHY_Jeremy_2013_ED222.pdf http://www.theses.fr/2013STRAF029/abes https://theses.hal.science/tel-00997394 https://theses.hal.science/tel-00997394 https://theses.hal.science/tel-00997394 https://theses.hal.science/tel-00997394 Desaphy Jérémy 1988-01-02 FR 175715661 40812411 https://theses.fr/2013STRAF029 2013STRAF029 https://doi.org/10.70675/5feac63fza9b6z45cez8fc2z4a485ec26f44 2013-10-09 Chimie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Rognan Didier MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 034127445 Varnek Alexandre MADS_PRESIDENT_DU_JURY Ducrot Pierre MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 Bonnet Pascal MADS_RAPPORTEUR_1 Douguet Dominique MADS_RAPPORTEUR_2 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 CH 156504081 Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg ; 2009-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 UMR 7200 157623483 207869 ddc:570 Rognan Didier Varnek Alexandre Ducrot Pierre Bonnet Pascal Douguet Dominique École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg) PDF 14642524