Note ABES Contributions to the study of the architecture and evolution of ribozymes Contributions à l'étude de l'architecture et de l'évolution des ribozymes Ribozymes Structure ARN Ribozyme LCrz GIR1 Réaction de branchement Cristallographie SAXS Twintron Ribozymes RNA structure LCrz ribozyme GIR1 Branching reaction Crystallography SAXS Twintron 572.8 ARN ribosomiques Structure Introns Épissage (génétique) Cristallographie Les ARNnc sont impliqués dans la régulation de l’expression des gènes via divers mécanismes. Ils adoptent des structures 3D composées à 70% de pb WC formant des hélices de types A liées entre elles par des jonctions modulaires ayant des caractéristiques géométriques spécifiques. Nous avons identifié un nouveau motif 3D d’ARN apparenté au kturn, le pk-turn. Le pk-turn, situé dans la RNase P bactérienne permet, comme le k-turn, la formation d’un angle de 60° entre les hélices P16 & P17 avec cependant des exigences de séquences et de structure différentes. Le 2nd ribozyme qui a focalisé mon attention est le LCrz observé dans l’intron siamois (GIR2/LCrz) identifié dans le pré-ARNr 18S de la petite sous unité du ribosome eucaryote du myxomycète D. iridis. LCrz catalyse une réaction de branchement, équivalente à la première étape de l’épissage par les introns de groupe II, dans un contexte structural proche des introns du groupe I. Nous avons résolu la structure cristallographique du LCrz à une résolution de 2.5Å révélant un repliement inattendu. Cette structure a été confirmée par des expériences de SAXS. Ce travail nous permet de souligner la relation entre structure et fonction dans l'évolution des ribozymes. NcRNA represent most of primary transcripts RNA in higher eukaryotes and tune gene expression via diverse mechanisms. They adopt 3D structures composed at 70% by WC bp forming A-form helices linked by RNA motifs. We identified the pk-turn, a new RNA motif related to k-turns that allow for the formation of a bend of 60° between stems P16 and P17 from the bacterial RNaseP. Yet it features different sequence and structural requirements than k-turns. The 2nd ribozyme which got my attention is the LCrz inserted in GIR2, a group I intron. This twintron is observed in the pre-rRNA 18S of the small subunit of the eukaryoteD. iris. LCrz catalyzes a reaction equivalent to the first step of splicing by group II introns, but in a structural context related to group I introns. We solved the 2.5 Å crystal structure of the LCrz and confirmed the unexpected shape by means of SAXS experiments. This work emphasizes the relationship between structure and function in the evolution of ribozymes. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 21088773 Université de Strasbourg Strasbourg 2014-12-31 https://theses.hal.science/tel-01063838 application/pdf 20298248 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2013/MEYER_Melanie_2013_ED414.pdf http://www.theses.fr/2013STRAJ049/abes https://theses.hal.science/tel-01063838 https://theses.hal.science/tel-01063838 https://theses.hal.science/tel-01063838 Meyer Mélanie 1985-09-06 FR 176244247 40301913 https://theses.fr/2013STRAJ049 2013STRAJ049 https://doi.org/10.70675/540f098az4750z490azb17czf674f30ed399 2013-09-13 Biophysique et biologie structurale Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Masquida Benoît MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 169658503 Cavarelli Jean MADS_PRESIDENT_DU_JURY Sargueil Bruno MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 Westhof Eric MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 Thore Stéphane MADS_RAPPORTEUR_1 Yoshizawa Satoko MADS_RAPPORTEUR_2 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 UMR 7156 156733447 93783 ddc:570 Masquida Benoît Cavarelli Jean Sargueil Bruno Westhof Eric Thore Stéphane Yoshizawa Satoko École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg) Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) PDF 21088773 confidentialité 2013-09-13 2014-09-13 confidentialité 2013-09-13 2014-09-13 restriction 2013-09-13 2014-09-13 confidentialité 2013-09-13 2014-09-13 confidentialité 2013-09-13 2014-09-13