Note ABES Characterization of natural product biological imprints for computer-aided drug design applications Caractérisation de l’empreinte biologique des produits naturels pour des applications de conception rationnelle de médicament assistée par ordinateur Similarité structurale Biosynthèse Produit naturel Structure de protéine Site de liaison Reconnaissance moléculaire Conception rationnelle de médicament Chémoinformatique Structural similarity Biosynthesis Natural product Binding site Molecular recognition 547.7 Enzymes -- Analyse Ligands (biochimie) -- Fixation Reconnaissance moléculaire Chimie -- Informatique La comparaison de site peut-elle vérifier l’hypothèse: «Les origines biosynthétiques des produits naturels leurs confèrent des activités biologiques»? Pour répondre à cette question, nous avons développé un outil modélisant les propriétés accessibles au solvant des sites de liaison. La méthode a montré des aspects intéressants, mais elle souffre d’une sensibilité aux coordonnées atomiques. Cependant, des méthodes existantes nous ont permis de prouver que l’hypothèse est valide pour la famille des flavonoïdes. Afin d’étendre l’étude, nous avons développé un procédé automatique capable de rechercher des structures d’enzymes de biosynthèse de produits naturels disposant de sites actifs capables de lier une molécule de petite taille. Nous avons trouvé les structures de 117 enzymes.Les structures nous ont permis de caractériser divers modes de liaison substrat-enzyme, nous indiquant l’empreinte biologique des produits naturels ne correspond pas toujours au modèle « clé- serrure ». Can computational binding site similarity tools verify the hypothesis: “Biosynthetic moldings give potent biological activities to natural products”? To answer this question, we designed a tool modeling binding site properties according to solvent exposure. The method showed interesting characteristics but suffers from sensitivity to atomic coordinates. However, existing methods have delivered evidence that the hypothesis was valid for the flavonoid chemical class. In order to extend the study, we designed an automated pipeline capable of searching natural products biosynthetic enzyme structures embedding ligandable catalytic sites. We collected structures of 117 biosynthetic enzymes. Finally, according to structural investigations of biosynthetic enzymes, we characterized diverse substrate-enzyme binding-modes, suggesting that natural product biological imprints usually do not agree with the “key-lock” model. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 11451437 Université de Strasbourg Strasbourg 2016-12-31 https://theses.hal.science/tel-01300872 application/pdf 11241059 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2015/STURM_Noe_2015_ED222.pdf http://www.theses.fr/2015STRAF059/abes https://theses.hal.science/tel-01300872 https://theses.hal.science/tel-01300872 https://theses.hal.science/tel-01300872 https://theses.hal.science/tel-01300872 Sturm Noé 1985-05-01 FR 191913448 https://theses.fr/2015STRAF059 2015STRAF059 https://doi.org/10.70675/bb1c96c3zc9c7z436czb5daz11df54302370 2015-12-08 Chimie Strasbourg 131056549 Griffith university MADS_ETABLISSEMENT_DE_COTUTELLE_1 031720943 Doctorat Docteur es non oui Quinn Ronald MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 191913669 Kellenberger Esther MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 16406883X Iorga Bogdan MADS_PRESIDENT_DU_JURY 074636103 Iorga Bogdan MADS_RAPPORTEUR_1 074636103 Günther Stefan MADS_RAPPORTEUR_2 191913820 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156504081 Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg ; 2009-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 207869 157623483 ddc:540 Griffith university Quinn Ronald Kellenberger Esther Iorga Bogdan Iorga Bogdan Günther Stefan École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg) Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg) PDF 11451437