Progress towards a better proteome characterization by quantitative mass spectrometry method development and proteogenomics
Vers une meilleure caractérisation du protéome par le développement de méthodes de spectrométrie de masse quantitative et par l'analyse protéogénomique
Spectrométrie de masse
Analyse protéomique quantitative
Proteogénomique
Mass spectrometry
Quantitative proteomics
Proteogenomics
543
Spectrométrie de masse
Protéomique
Génomique
Chimie analytique
L'extrême complexité des échantillons biologiques, la variabilité technique et la dépendance de la protéomique envers les banques protéiques empêchent l'analyse complète d'un protéome. Ce travail de thèse s'est focalisé sur le développement de méthodes pour la protéomique quantitative et la protéogénomique afin d'améliorer la caractérisation du protéome. Premièrement mon travail s'est centré sur le développement de méthodes quantitatives globales et ciblées. La mise en place de standards pour évaluer les performances de tous les niveaux de la stratégie analytique est aussi décrite. Ces méthodes ont été optimisées pour répondre à diverses questions biologiques. Mon doctorat s'est focalisé aussi autour de la protéogénomique. Une méthode d'analyse N-terminomique à haut débit a été développée et appliquée à l'étude de la mitochondrie humaine. Enfin, ce manuscrit présente une approche multi-omique visant à améliorer l'analyse du protéome avec la création de banques de données personnalisées .
The high intrinsic complexity of biological samples, the technical variability and the dependency of Bottom-up Proteomics to consensus protein sequence databases handicap the comprehensive analysis of an entire Proteome. My doctoral work was focused on method development in quantitative Proteomics and Proteogenomics in order to achieve a better proteome characterization. First, I focused on the development of global and targeted quantitative methods. The introduction and development of standard samples to assess the performances at any level of the analytical workflow is also described. These methods were applied to answer different biological questions. My PhD also focused on Proteogenomic method development. A high throughput N-terminomic analysis approach was developed and applied to the analysis of the human mitochondria. Finally, this manuscript presents a personalized multi-omics profiling strategy to improve the proteome analysis with the use of personalized databases.
Electronic Thesis or Dissertation
Text
en
PDF
26507084
Université de Strasbourg
Strasbourg
2017-12-31
https://theses.hal.science/tel-01534873
application/pdf
26437886
https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2016/VACA_JACOME_Alvaro_Sebastian_2016_ED222.pdf
http://www.theses.fr/2016STRAF020/abes
https://theses.hal.science/tel-01534873
https://theses.hal.science/tel-01534873
https://theses.hal.science/tel-01534873
https://theses.hal.science/tel-01534873
Vaca Jacome
Alvaro Sebastian
1988-03-22
EC
197198309
40811666
https://theses.fr/2016STRAF020
2016STRAF020
https://doi.org/10.70675/f5b9ae4fz21ffz4c4azbe12zca5959d63295
2016-07-04
Chimie analytique
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
oui
Van Dorsselaer
Alain
MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1
069815070
Marin
Philippe
MADS_PRESIDENT_DU_JURY
11872102X
11872102X
Carapito
Christine
MADS_MEMBRE_DU_JURY_1
135428866
Bitsch
Francis
MADS_MEMBRE_DU_JURY_2
197204244
Juste
Catherine
MADS_MEMBRE_DU_JURY_3
081548001
Marin
Philippe
MADS_RAPPORTEUR_1
11872102X
11872102X
Domon
Bruno
MADS_RAPPORTEUR_2
185208967
École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
MADS_ECOLE_DOCTORALE_1
CH
156504081
Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1
157760502
93777
ddc:540
Van Dorsselaer
Alain
Marin
Philippe
Carapito
Christine
Bitsch
Francis
Juste
Catherine
Marin
Philippe
Domon
Bruno
École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg)
Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg)
PDF
26507084