Cartographie des interfaces protéine-protéine et recherche de cavités droguables
Cartography of protein-protein interfaces and research of drugable cavities
Base de données
Bioinformatique
Cavité
Chémoinformatique
Classifieurs
Interface protéine-protéine
Pharmacophore
Protéine
Site de liaison
Database
Computational biology
Cavities
Computational chemistry
Classifiers
Protein-protein interface
Pharmacophore
Protein
Binding site
541.2
572.8
Interactions protéine-protéine
Classification automatique
Chimie -- Informatique
Chimie
Bases de données
Les interfaces protéine-protéine sont au cœur de nombreux mécanismes physiologiques du vivant. Les caractériser au niveau moléculaire est un donc enjeu crucial pour la recherche de nouveaux candidat-médicaments. Nous proposons ici de nouvelles méthodes d’analyse des interfaces protéine-protéine à visée pharmaceutique. Notre protocole automatisé détecte les interfaces au sein des structures de la Protein Data Bank afin de définir les zones d’interactions à potentiel pharmacologique, les cavités droguables, les ligands présents à l’interface ainsi que les pharmacophores directement déduits à partir des cavités. Notre méthode permet de réaliser un état de l’art des informations disponibles autour des interfaces protéine-protéine ainsi que de prédire de nouvelles cibles potentielles pour des molécules candidats médicaments.
Protein-protein interfaces are involved in many physiological mechanisms of living cells. Their characterization at the molecular level is therefore crucial in drug discovery.We propose here new methods for the analysis protein-protein interfaces of pharmaceutical interest. Our automated protocol detects the biologicaly relevant interfaces within the Protein Data Bank structures, droguables cavities, ligands present at the interface and pharmacophores derived directly from the cavities. Our method enables a state-of- the-art of all available structural information about protein-protein interfaces and predicts potential new targets for drug candidates.
Electronic Thesis or Dissertation
Text
fr
PDF
58068075
Université de Strasbourg
Strasbourg
2017-12-31
https://theses.hal.science/tel-01508554
application/pdf
26017080
https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2016/DaSilva_Franck_2016_ED222.pdf
http://www.theses.fr/2016STRAF034/abes
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https://theses.hal.science/tel-01508554
https://theses.hal.science/tel-01508554
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Da Silva
Franck
1990-08-14
FR
19835214X
21317211
https://theses.fr/2016STRAF034
2016STRAF034
https://doi.org/10.70675/5ed407d7z4b6cz4e08z94f5ze7c2cc4fd624
2016-09-23
Chimie
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
oui
Rognan
Didier
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Baaden
Marc
MADS_PRESIDENT_DU_JURY
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Morelli
Xavier
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Sperandio
Olivier
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École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
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CH
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Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg ; 2009-....)
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Rognan
Didier
Baaden
Marc
Morelli
Xavier
Sperandio
Olivier
École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg)
Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg)
PDF
58068075