Note ABES Caractérisation site-sélective de la dynamique des propriétés chaperonnes de la protéine de la nucléocapside de VIH-1 vis-à-vis de ses cibles nucléiques, à l'aide de sondes fluorescentes innovantes Site-selective characterization of the dynamics of the nucleic acid chaperone properties of HIV-1 nucleocapsid protein using innovative fluorescent probes Protéine de la nucléocapside Propriétés chaperonnes Transcription inverse Second transfert de brins Analogues fluorescents 3-hydroxychromone Thiénodéoxyguanosine Nucleocapsid protein Chaperone properties Reverse transcription Second strand transfer Fluorescent analogs 3-hydroxychromone Thienodeoxyguanosine 571.4 572.8 VIH (virus) Reproduction (biologie) Protéines virales Dynamique moléculaire Sondes fluorescentes Protéines nucléocapside Dissertations universitaires Transcription inverse Dissertations universitaires Du fait de sa haute conservation et de ses fonctions clés dans le virus VIH-1, la protéine de la nucléocapside NC est une cible de choix pour développer de nouveaux anti-viraux. Bien que la compréhension mécanistique des propriétés chaperonnes de NC vis-à-vis des acides nucléiques ait connu d’importants progrès, les aspects dynamiques de ces propriétés restent mal comprises, faute notamment d’outils appropriés pour les suivre au niveau moléculaire. L’objectif de ce travail de thèse a été de caractériser au niveau moléculaire la dynamique des interactions de NC avec les acides nucléiques, à l’aide d’outils fluorescents développés au laboratoire ou en collaboration. En utilisant des peptides NC et des oligonucléotides marqués en différentes positions par des analogues fluorescents d’acides aminés et de nucléosides, respectivement, nous avons pu donner une image complète du processus dynamique sous-tendant le mécanisme chaperon de NC dans le second transfert de brins de la transcription inverse du cycle du VIH-1. Cette compréhension est fondamentale pour concevoir des stratégies rationnelles afin de cibler le rôle spécifique de NC dans ses interactions avec ses cibles nucléiques. Due to its high conservation and key functions in the HIV-1 virus, the nucleocapsid protein NC is a potential target for the development of new anti-viral drugs. Although the mechanistic understanding of the NC nucleic acid chaperone properties has achieved a significant progress, the dynamic aspects of these properties remain poorly understood, mainly due to the lack of the appropriate tools to monitor them at the molecular level. The objective of this thesis was to characterize the dynamic interactions of NC with nucleic acids at the molecular level using new fluorescent tools developed in the laboratory or in collaboration. Using NC peptides and its target oligonucleotides labeled in different positions by fluorescent amino acid and nucleoside analogs, respectively, we were able to give a complete picture of the dynamic processes underlying the chaperone activity of NC in the second strand transfer of HIV-1 reverse transcription. This understanding is fundamental to design rational strategies in order to target the specific role of NC in interaction with its nucleic acid targets. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 11561344 Université de Strasbourg Strasbourg 2017-12-31 https://theses.hal.science/tel-01561541 application/pdf 13370200 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2016/SHOLOKH_Marianna_2016_ED414.pdf http://www.theses.fr/2016STRAJ031/abes https://theses.hal.science/tel-01561541 https://theses.hal.science/tel-01561541 https://theses.hal.science/tel-01561541 https://theses.hal.science/tel-01561541 Sholokh Marianna 1989-11-05 UA 199538050 21110108 https://theses.fr/2016STRAJ031 2016STRAJ031 https://doi.org/10.70675/27cb6e67z32bez4ce6zbd69z6b7adbc51d71 2016-07-12 Biophysique et biologie structurale Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Mély Yves MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 031370128 Zaporozhets Olga MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 19953814X Ruff Marc MADS_PRESIDENT_DU_JURY 167631543 Teulade-Fichou Marie-Paule MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 031783724 Tisné Carine MADS_RAPPORTEUR_1 131351834 Deprez Eric MADS_RAPPORTEUR_2 157078094 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Laboratoire de biophotonique et pharmacologie (Strasbourg ; ....-2017) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 156773341 86507 ddc:570 Mély Yves Zaporozhets Olga Ruff Marc Teulade-Fichou Marie-Paule Tisné Carine Deprez Eric École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Laboratoire de biophotonique et pharmacologie (Strasbourg) PDF 11561344 confidentialité 2016-07-12 2017-07-12 confidentialité 2016-07-12 2017-07-12 restriction 2016-07-12 2017-07-12 confidentialité 2016-07-12 2017-07-12 confidentialité 2016-07-12 2017-07-12