Note ABES Etude thermodynamique de l'initiation de la traduction et de l'élongation chez Escherichia coli Thermodynamic study of the translation initiation and elongation in Escherichia coli Escherichia coli Ribosome Thermodynamique ITC Complexe d’initiation 30S Escherichia coli Ribosome Thermodynamics ITC 30S initiation complex 571.4 572.8 Élongation (biologie moléculaire) Traduction génétique Ribosomes Escherichia coli La traduction est un processus itératif réalisé par le ribosome. Chez Escherichia coli, le ribosome est composé d’une grande sous-unité 50S et d’une petite sous-unité 30S (S correspondant au coefficient de sédimentation). La traduction débute par la mise en place d’une interaction entre le codon d’initiation de l’ARNm et l’anticodon de l’ARNt initiateur. Cette interaction, finement régulée par les facteurs d’initiations IF1, IF2 et IF3, conduit à la formation du complexe d’initiation 30S (30SIC). Par titration calorimétrique isotherme (ITC), nous avons disséqué la thermodynamique de l’ensemble des voies possibles de formation du 30SIC. Sur la base des affinités mesurées, il a été possible d’en déduire un ordre d’assemblage préférentiel. Par cryo-microscopie électronique, nous avons ensuite essayé d’obtenir la structure de ce complexe à haute résolution. La fixation du 50S représente la dernière étape de l’initiation. Par ITC, nous avons cherché à en déterminer les paramètres thermodynamiques, puis nous avons poursuivi avec l’élongation en commençant par étudier l’incorporation d’un aminoacyl-ARNt. Enfin, la réalisation d’une étude comparative par ITC de trois antibiotiques capables de se fixer au tunnel de sortie du peptide, nous a permis d’identifier les forces moléculaires mises en jeu lors de leur interaction avec le ribosome. Translation is an iterative process achieved by the ribosomal machinery. In Escherichia coli, the ribosome is composed of a large 50S subunit and a small 30S subunit (S being the sedimentation coefficient). Translation begins with the establishment of the interaction between the mRNA codon and the initiator tRNA anticodon. This interaction, under the control of initiation factors IF1, IF2 and IF3, leads to the formation of the 30S initiation complex (30SIC). Using isothermal titration calorimetry (ITC), we explored the thermodynamic landscape of all possible pathways for 30SIC formation. Based on affinities derived from ITC, we propose a preferred assembly pathway. Using cryo-electron microscopy, this knowledge was used to obtain high-resolution structures of 30SIC intermediates. Binding of the 50S is the last step for initiation. Using ITC, thermodynamic parameters were derived followed by the incorporation of an aminoacyl-tRNA. Lastly, we realized, using ITC, a comparative study of three antibiotics binding to the nascent peptide exit tunnel of the ribosome. This study leads us to determine the molecular forces involved in their interaction with the ribosome. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 9481587 Université de Strasbourg Strasbourg 2017-12-31 https://theses.hal.science/tel-01562150 application/pdf 8619556 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2016/MEYER_Benoit_2016_ED414.pdf http://www.theses.fr/2016STRAJ060/abes https://theses.hal.science/tel-01562150 https://theses.hal.science/tel-01562150 https://theses.hal.science/tel-01562150 https://theses.hal.science/tel-01562150 Meyer Benoît 1989-05-31 FR 20309445X 40702929 https://theses.fr/2016STRAJ060 2016STRAJ060 https://doi.org/10.70675/a078e413z323cz4745z9893z6ca749af89f8 2016-09-26 Biophysique et biologie structurale Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Ennifar Éric MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 060834978 Dumas Philippe MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 059207590 Mechulam Yves MADS_PRESIDENT_DU_JURY 032983239 Ennifar Éric MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 060834978 Dumas Philippe MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 059207590 Mechulam Yves MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 032983239 Gillet Reynald MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 093627211 Yusupova Gulnara MADS_MEMBRE_DU_JURY_5 172402255 Innis Axel MADS_MEMBRE_DU_JURY_6 203094832 Mechulam Yves MADS_RAPPORTEUR_1 032983239 Gillet Reynald MADS_RAPPORTEUR_2 093627211 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg ; 1992-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157545687 93780 ddc:570 Ennifar Eric Dumas Philippe Mechulam Yves Ennifar Eric Dumas Philippe Mechulam Yves Gillet Reynald Yusupova Gulnara Innis Axel Mechulam Yves Gillet Reynald École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg) Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg) PDF 9481587