Reconstruction of gene regulatory networks defining the cell fate transition processes
Reconstruction des réseaux de régulation géniques responsables du destin cellulaire
Identité cellulaire
Tumorigenèse
Biologie des systèmes
Réseaux de régulation géniques
Cell fate
Tumorigenesis
Systems biology
Gene Regulatory Networks
572.8
616.99
Carcinogenèse
Génétique
Différenciation cellulaire
Facteurs de transcription
Trétinoïne
Récepteurs
Bioinformatique
Épigénétique
Bases de données
L’établissement de l’identité cellulaire est un phénomène très complexe qui implique pléthore de signaux instructifs intrinsèques et extrinsèques. Cependant, malgré les progrès importants qui ont été faits pour l’identification des régulateurs clés, les liens mécanistiques entre facteurs de transcription, épigénome, et structure de la chromatine lors de la différenciation cellulaire, et de la transformation tumorigénique des cellules, sont peu connus. Pour résoudre ces problématiques nous avons utilisé deux modèles de transition de l’identité cellulaire : la différenciation neuronale et endodermique induites par un même morphogène, l’acide rétinoïque. Concernant la transformation tumorale des cellules nous avons utilisé un système de tumorigenèse par étape de cellules primaires humaines. Nous avons conduit des études intégratives incluant des données transcriptomiques, épigénomiques, et des données concernant l’architecture de la chromatine. Notre approche systématique pour caractériser l’acquisition de l’identité cellulaire, combinée à la modélisation de la transduction du signal, renforce donc nos connaissances sur les mécanismes responsables de la plasticité cellulaire. Une meilleure compréhension des mécanismes régulateurs de l’identité cellulaire non seulement nous éclaire sur les relations de cause à effet entre les différents niveaux de régulation dans la cellule, mais aussi ouvre de nouvelles possibilités en terme de transdifférenciation dirigée.
The cell fate acquisition is a highly complex phenomenon that involves a plethora of intrinsic and extrinsic instructive signals. However, despite the important progress in identification of key regulatory factors of this process, the mechanistic links between transcription factors, epigenome and chromatin structure which coordinate the regulation of cell differentiation and deregulation of gene networks during cell transformation are largely unknown. To address these questions for two model systems of cell fate transitions, namely the neuronal and endodermal cell differentiation induced by the morphogen retinoic acid and the stepwise tumorigenesis of primary human cells, we conducted integrative transcriptome, epigenome and chromatin architecture studies. Through extensive integration with thousands of available genomic data sets, we deciphered the gene regulatory networks of these processes and revealed new insights in the molecular circuitry of cell fate acquisition. The understanding of regulatory mechanisms that underlie the cell fate decision processes not only brings the fundamental understanding of cause-and-consequence relationships inside the cell, but also open the doors to the directed trans-differentiation.
Electronic Thesis or Dissertation
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9920585
Université de Strasbourg
Strasbourg
2017-12-31
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15756311
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https://theses.hal.science/tel-01726970
https://theses.hal.science/tel-01726970
Malysheva
Valeriya
1989-11-09
RU
204208866
21218222
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2016STRAJ084
https://doi.org/10.70675/926445a6za368z4e2dzb62fz1878c623ff9a
2016-11-10
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
oui
Gronemeyer
Hinrich
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061440752
Sexton
Thomas L.
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227420705
Gronemeyer
Hinrich
MADS_MEMBRE_DU_JURY_1
061440752
Sexton
Thomas L.
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Bischof
Oliver
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Urszula
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Barillot
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Peter
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Bischof
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École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
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Gronemeyer
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