Note ABES Détermination du mode d'action et des substrats de RNases P protéiques chez Arabidopsis thaliana Determination of the mode of action and substrates of protein only RNase P in Arabidopsis thaliana RNase P ARNt Maturation de l’ARN Biophysique Interactions protéines-ARN PPR Plantes RNase P TRNA RNA maturation Biophysics Protein-RNA interactions PPR Plants 572.8 581 Ribonucléases Mécanisme d'action Interactions ARN-protéine Plantes -- Génétique moléculaire ARN de transfert Arabidopsis thaliana Ribonuclease P Dissertations universitaires L’activité RNase P est l'activité essentielle qui élimine les séquences 5' supplémentaires des précurseurs d'ARN de transfert. "PRORP" (PROteinaceous RNase P) définit une nouvelle catégorie de RNase P uniquement protéique. Avant la caractérisation de PRORP, on pensait que les enzymes RNase P étaient universellement conservées sous forme de ribonucléoprotéines (RNP). La caractérisation de PRORP a révélé une enzyme avec deux domaines principaux, un domaine N-terminal contenant plusieurs motifs PPR et un domaine NYN C-terminal portant l’activité catalytique. Nous avons utilisé une combinaison d'approches biochimiques et biophysiques pour caractériser le complexe PRORP / ARNt. La structure du complexe en solution a été déterminée par diffusion des rayons X aux petits angles (SAXS) et les Kd des interactions de différents mutants de PRORP avec l’ARNt ont été déterminées par ultracentrifugation analytique. Notre analyse révèle un cas intéressant d'évolution convergente. Il suggère que PRORP a développé un processus de reconnaissance de l'ARN similaire à celui des RNase P RNP. Par ailleurs, nous avons mis en place une approche de co-immunoprécipitation de PRORP avec l’ARN afin de définir le spectre de substrats des RNase P protéiques. RNase P is the essential activity that removes 5'-leader sequences from transfer RNA precursors. “PRORP” (PROteinaceous RNase P) defines a novel category of protein only RNase P. Before the characterization of PRORP, RNase P enzymes were thought to occur universally as ribonucleoproteins (RNP). The characterization of PRORP revealed an enzyme with two main domains, an N-terminal domain containing multiple PPR motifs and a C-terminal NYN domain holding catalytic activity. We used a combination of biochemical and biophysical approaches to characterize the PRORP / tRNA complex. The structure of the complex in solution was determined by small angle X-ray scattering and Kd values of the PRORP / tRNA interaction were determined by analytical ultracentrifugation. We also analyzed direct interaction of a collection of PPR mutants with tRNA in order to determine the relative importance of individual PPR motifs for RNA binding. This reveals to what extent PRORP target recognition process conforms to the mode of action of PPR proteins interacting with linear RNA. Altogether, our analysis reveals an interesting case of convergent evolution. It suggests that PRORP has evolved an RNA recognition process similar to that of RNP RNase P. Moreover, we also implemented a PRORP-RNA co-immunoprecipitation approach to determine the full extent of PRORP substrates. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 20698693 Université de Strasbourg Strasbourg 2018-12-31 https://theses.hal.science/tel-01745310 application/pdf 38264354 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2017/SCHELCHER_Cedric_2017_ED414.pdf http://www.theses.fr/2017STRAJ044/abes https://theses.hal.science/tel-01745310 https://theses.hal.science/tel-01745310 https://theses.hal.science/tel-01745310 https://theses.hal.science/tel-01745310 Schelcher Cédric 1991-08-30 FR 225412411 21212596 https://theses.fr/2017STRAJ044 2017STRAJ044 https://doi.org/10.70675/570e4869z7c23z417fz8bcdzafdb27a293af 2017-09-18 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Giegé Philippe MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 152079335 Duchêne Anne-Marie MADS_PRESIDENT_DU_JURY 131342509 Mireau Hakim MADS_RAPPORTEUR_1 122997956 Mayer Claudine MADS_RAPPORTEUR_2 133465187 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Institut de biologie moléculaire des plantes (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 156775727 444 ddc:570 ddc:580 Giegé Philippe Duchêne Anne-Marie Mireau Hakim Mayer Claudine École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg) Institut de biologie moléculaire des plantes (Strasbourg) PDF 20698693