Note ABES Structural rearrangements of the HIV-1 genomic RNA during maturation of the viral particle Etude des remaniements structuraux de l'ARN génomique du VIH-1 lors de la maturation des particules virales VIH-1 Maturation protéique Maturation génomique Cartographie chimique de l’ARN Séquençage à haut débit Structure secondaire de l’ARN Activité chaperonne de l’ARN HIV-1 Proteolytic processing Genomic maturation RNA chemical probing High-throughput sequencing RNA secondary structure RNA chaperone activity 572.8 616.97 Infections à VIH Épissage (génétique) Génomique ARN viral Molécules chaperonnes Le VIH-1 bourgeonne sous forme immature et doit subir l’étape de maturation afin d’acquérir son caractère infectieux. La maturation protéolytique du précurseur Pr55Gag induit le réarrangement morphologique de la particule alors que le dimère d’ARNg acquiert une compaction optimale. Ces réarrangements conformationnels restent encore inconnus et sont facilités par l’activité chaperonne de la protéine NCp7. Notre but a été de déterminer les différentes étapes menant à l’obtention d’un dimère d’ARNg mature. Nous avons donc étudié la structure des 550 premiers nucléotides du génome par cartographie chimique, à la fois 1. in vitro en présence des protéines Pr55Gag, GagΔp6, intermédiaires contenant le domaine NC et NCp7 et 2. in viro par l’approche hSHAPE-Seq que nous avons développé. Les particules matures et bloquées aux différentes étapes de maturation de Pr55Gag ont été analysées ainsi que des particules matures et totalement immatures traitées avec l’éjecteur de zinc AT-2. Ce traitement permet d’identifier les sites de protection de Pr55Gag et NCp7 ainsi que leur activité déstabilisatrice. The HIV-1 particle buds from the infected cell as an immature particle and has to undergo a maturation process to become infectious. Proteolytic processing of Pr55Gag triggers morphological rearrangements of the particle whereas the gRNA dimer becomes more stable. Genomic rearrangements remain poorly understood and are facilitated by the RNA chaperone activity of the NCp7 protein. Our goal was to determining the different steps leading to the formation of the mature dimeric gRNA. To this end, the structure of the first 550 nucleotides of the HIV-1 genome was assessed by chemical probing 1. in vitro with Pr55Gag, GagΔp6, NC-containing intermediates and NCp7 proteins and 2. in viro with the hSHAPE-Seq approach we developed. Wild type and mutant viruses mimicking the sequential processing of Pr55Gag were analysed, as well as immature PR- and mature particles treated with the AT-2 zinc ejector, in order to identify the Pr55Gag and NCp7 binding sites and their gRNA destabilising activity. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 16220140 Université de Strasbourg Strasbourg 2018-12-31 https://theses.hal.science/tel-02917974 application/pdf 157889319 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2017/MAILLER_Elodie_2017_ED414.pdf http://www.theses.fr/2017STRAJ055/abes https://theses.hal.science/tel-02917974 https://theses.hal.science/tel-02917974 https://theses.hal.science/tel-02917974 https://theses.hal.science/tel-02917974 https://theses.hal.science/tel-02917974 Mailler Élodie 1989-09-25 FR 226393410 21111920 https://theses.fr/2017STRAJ055 2017STRAJ055 https://doi.org/10.70675/6ce04440z0ddfz4ad2zbbdbzf94bec9b3db0 2017-09-22 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Marquet Roland MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 060810319 Vivet-Boudou Valérie MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 145317803 Gilmer David MADS_PRESIDENT_DU_JURY 089486021 Tisné Carine MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 131351834 Mougel Marylène MADS_RAPPORTEUR_1 033037175 Mirambeau Gilles MADS_RAPPORTEUR_2 070714835 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg ; 1992-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157545687 93780 ddc:570 ddc:610 Marquet Roland Vivet-Boudou Valérie Gilmer David Tisné Carine Mougel Marylène Mirambeau Gilles École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg) PDF 16220140 confidentialité 2017-09-22 2019-09-30 confidentialité 2017-09-22 2019-09-30 restriction 2017-09-22 2018-12-31 confidentialité 2017-09-22 2019-09-30 confidentialité 2017-09-22 2019-09-30