Note ABES Dissection de la relation génotype-phénotype par des études d'association chez Saccharomyces cerevisiae Genotype-phenotype relationship exploration by genome-wide association studies in yeast Génomique des populations Études d’association Levure Population genomics Genome-wide association studies Yeast 572.8 576.5 Métagénomique Étude d'association pangénomique Saccharomyces cerevisiae Amélioration génétique Un objectif central en biologie est de comprendre la relation entre le génotype et le phénotype. Afin de disséquer les bases génétiques de la diversité phénotypique, il est nécessaire de disposer d’une collection de données génomiques d’un grand nombre d’individus d’une même espèce. Dans ce but, mes travaux de thèse se basent sur l’étude des séquences génomiques ainsi que des données phénotypiques de 1011 isolats naturels de la levure Saccharomyces cerevisiae. Dans un premier temps, je me suis intéressé à la description de la variation génétique et phénotypique pour dresser un portrait précis de l’histoire évolutive de cette espèce. Les données de phénotypage nous ont permis de réaliser des études pangénomiques d’association génotype-phénotype avec une puissance jusque là inégalée chez Saccharomyces cerevisiae. Je me suis par la suite penché sur l’évaluation des paramètres influençant le pouvoir de détection d’une telle approche, d’en apprécier limites pour tenter de les contourner. Elucidating the genetic origin of phenotypic diversity among individuals within the same species is essential to understand evolution. Using whole genome sequences of 1,011 Saccharomyces cerevisiae isolates, my work sought to describe intraspecific genetic variation and investigate of its phenotypic consequences. Doing so, I obtained a precise view of the evolutionary history of S. cerevisiae. Phenotypic characterization provided the opportunity to perform genotype-phenotype genome-wide association studies with unprecedented power. I then focused on the evaluation of the parameters influencing genome-wide association studies, the appreciation of the limits of such an approach, and ways to circumvent them. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 14198526 Université de Strasbourg Strasbourg 2018-12-31 https://theses.hal.science/tel-01744210 application/pdf 14084204 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2017/PETER_Jackson_2017_ED414.pdf http://www.theses.fr/2017STRAJ064/abes https://theses.hal.science/tel-01744210 https://theses.hal.science/tel-01744210 https://theses.hal.science/tel-01744210 Peter Jackson 1990-02-25 FR 225390019 40805286 https://theses.fr/2017STRAJ064 2017STRAJ064 https://doi.org/10.70675/2c2196f9z3826z4595zac06zcf8cd2fa4569 2017-09-25 Bioinformatique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Schacherer Joseph MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 101873336 Lecompte Odile MADS_PRESIDENT_DU_JURY 070441251 Wincker Patrick MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 033357277 Bähler Jürg MADS_RAPPORTEUR_1 225390280 Dujon Bernard MADS_RAPPORTEUR_2 087734575 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 156733447 93783 ddc:570 Schacherer Joseph Lecompte Odile Wincker Patrick Bähler Jürg Dujon Bernard École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg) Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) PDF 14198526