Note ABES Diagnostic microbiologique de sites contaminés par les solvants chlorés Microbial diagnostic of chlorinated solvents contaminated sites Biodégradation Solvants chlorés Éthènes chlorés Dichlorométhane Bio-marqueurs Analyse isotopique composé spécifique (CSIA) Contamination des eaux souterraines Biodegradation Chlorinated solvents Chlorinated ethenes Dichloromethane Bio-markers Compound specific isotope analysis (CSIA) Contaminated groundwater 579 616.01 Eaux souterraines Microbiologie Hydrocarbures chlorés Biodégradation Analyse par dilution isotopique Marqueurs biologiques Le potentiel de biodégradation des éthènes chlorés (ECs) et du dichlorométhane (DCM) dans les eaux souterraines de l’ancien site industriel de Themeroil (Varennes-le-Grand, France) a été évalué par des études en microcosmes, à travers l’utilisation de biomarqueurs moléculaires, et par analyse isotopique spécifique au composé (compound specific isotope analysis, CSIA). L’objectif de ce travail a été d’évaluer i) la biodégradation de ces polluants et la diversité bactérienne associée dans les eaux du site, et ii) l’impact de mélanges de contaminants et des conditions rédox dans ce processus. L’implication majeure d’un taxon bactérien affilié à Dehalococcoides dans la dégradation du PCE dans les eaux du site, et son lien potentiel aux gènes de déshalogénase pceA et vcrA associés au processus de déchloration, ont été mises en évidence. La dégradation du DCM en présence d’ECs dans les eaux du site a ensuite été démontrée, et des souches bactériennes dégradant le DCM ont été isolées à partir d’eaux du site et caractérisées. La CSIA a révélé une forte biodégradation du DCM in situ. Des analyses des eaux du site, par qPCR ciblant les gènes dcmA et dhlA de la biodégradation bactérienne du DCM, et par séquençage haut-débit du gène de l’ARNr 16S, ont permis d’évaluer le rôle potentiel de différents taxa bactériens associés à la dégradation du DCM. Il a ainsi été montré que la répartition spatiale de ces taxa sur site dépend dans une large mesure des conditions rédox et du niveau de contamination. L’influence de ces paramètres sur la biodégradation, étudiée ensuite en microcosmes, a été confirmée par l’observation de différents profils de dégradation dans des conditions rédox et de co-contamination distinctes. Ceci suggère la participation de différents types de métabolisme à la biodégradation des éthènes et alcanes chlorés sur site. Les résultats obtenus confirment la pertinence d’études en microcosme pour évaluer le potentiel de biodégradation des polluants halogénés dans les sites contaminés, et pour orienter les traitements de dépollution à privilégier. The biodegradation potential of chlorinated ethenes (CEs) and dichloromethane (DCM) in groundwater from the former industrial site of Themeroil (Varennes-le-Grand, France) was evaluated in microcosm studies, using molecular biomarkers and compound-specific isotope analysis (CSIA). The objective of this work was to evaluate i) the biodegradation of these pollutants and the associated bacterial diversity in site groundwater, and ii) the impact of contaminant mixtures and redox conditions on biodegradation. The major role of a taxon affiliated to Dehalococcoides in PCE degradation in site groundwater, and its potential link to dehalogenase genes pceA and vcrA associated with the process, were highlighted. Degradation of DCM in the presence of CEs in site groundwater was then demonstrated, and DCM-degrading strains were isolated from site groundwater and characterised. CSIA revealed a large extent of DCM biodegradation in situ. Analyses of groundwater from the site, targeting dcmA and dhlA genes for DCM biodegradation by qPCR, as well as by high-throughput sequencing of the 16S rRNA gene, allowed to evaluate the potential role of different bacterial taxa associated with DCM dehalogenation in DCM degradation on site. It was shown that the spatial distribution of these taxa on site depends significantly from redox conditions and contamination level. The influence of these parameters on biodegradation was also investigated in microcosms, and distinct degradation profiles were observed under different redox and co-contamination conditions. This suggests that different types of metabolism participate in biodegradation of chlorinated ethenes and alkanes on site. Obtained results confirm the relevance of microcosm studies in evaluating halogenated pollutants biodegradation potential on contaminated sites, and in guiding the choice of remediation approaches to be favoured. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 9117447 Université de Strasbourg Strasbourg 2018-12-31 application/pdf https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2017/Hermon_Louis_2017_ed414.pdf Hermon Louis 1991-05-28 FR 224078755 21418632 https://theses.fr/2017STRAJ113 2017STRAJ113 https://doi.org/10.70675/889af227z0bc9z4ccczb761zb19d6669d48a 2017-12-14 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Vuilleumier Stéphane MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 127892184 Millet Maurice MADS_PRESIDENT_DU_JURY 099038463 Harris-Hellal Jennifer MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 139196730 Joulian Catherine MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 167734458 Muller Emilie MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 169029883 Imfeld Gwenaël MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 178114383 Leyval Corinne MADS_RAPPORTEUR_1 033957991 Martin-Laurent Fabrice MADS_RAPPORTEUR_2 115109773 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 156733447 93783 ddc:570 ddc:610 Vuilleumier Stéphane Millet Maurice Harris-Hellal Jennifer Joulian Catherine Muller Emilie Imfeld Gwenaël Leyval Corinne Martin-Laurent Fabrice École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) PDF 9117447