Note ABES 3-D Genome organization of DNA damage repair Rôle de l’organisation 3D du génome dans la réparation des dommages à l'ADN Réponse aux dommages à l’ADN Cassures Double Brin ChIP-Seq Cellules souches embryonnaire Organisation de la chromatine ΓH2AX 53bp1 DNA damage response Double strand breaks ChIP-Seq Embryonic stem cells Chromatin organization ΓH2AX 53bp1 572.8 ADN -- Réparation Cellules souches embryonnaires Génomique Notre génome est constamment attaqué par des facteurs endogènes et exogènes qui menacent son intégrité et conduisent à différents types de dommages. Les cassures double brins (CDBs) font partie des dommages les plus nuisibles car elles peuvent entraîner la perte d'information génétique, des translocations chromosomiques et la mort cellulaire. Tous les processus de réparation se déroulent dans le cadre d'une chromatine hautement organisée et compartimentée. Cette chromatine peut être divisée en un compartiment ouvert transcriptionnellement actif (euchromatine) et un compartiment compacté transcriptionnellement inactif (hétérochromatine). Ces différents degrés de compaction jouent un rôle dans la régulation de la réponse aux dommages à l’ADN. L'objectif de mon premier projet était de comprendre l'influence de l'organisation 3D du génome sur la réparation de l'ADN. Pour cela, j’ai utilisé deux approches complémentaires dans le but d’induire et de cartographier les CDBs dans le génome de souris. Mes résultats ont mis en évidence un enrichissement de γH2AX, facteur de réparation des dommages à l’ADN, sur différentes régions du génome de cellules souches embryonnaires de souris, et ont également montré que les dommages persistent dans l’hétérochromatine, contrairement à l’euchromatine qui est protégée des dommages. Pour mon deuxième projet, j'ai cartographié l'empreinte génomique de 53BP1, facteur impliqué dans la réparation des CDBs, dans des cellules U2OS asynchrones et des cellules bloquées en G1 afin d’identifier de nouveaux sites de liaison de 53BP1. Mes résultats ont permis d’identifier de nouveaux domaines de liaison de 53BP1 couvrant de larges régions du génome, et ont montré que ces domaines de liaison apparaissent dans des régions de réplication moyenne et tardive. Our genome is constantly under attack by endogenous and exogenous factors which challenge its integrity and lead to different types of damages. Double strand breaks (DSBs) constitute the most deleterious type of damage since they maylead to loss of genetic information, translocations and cell death. All the repair processes happen in the context of a highly organized and compartmentalized chromatin. Chromatin can be divided into an open transcriptionally active compartment (euchromatin) and a compacted transcriptionally inactive compartment (heterochromatin). These different degrees of compaction play important roles in regulating the DNA damage response. The goal of my first project was to understand the influence of 3D genome organization on DNA repair. I used two complementary approaches to induce and map DSBs in the mouse genome. My results have shown that enrichment of the DNA damage repair factor γH2AX occurs at distinct loci in the mouse embryonic stem cell genome and that the damage persists in the heterochromatin compartment while the euchromatin compartment is protected from DNA damage. For my second project, I mapped the genomic footprint of 53BP1, a factor involved in DSBs repair, in asynchronous and G1 arrested U2OS cells to identify novel 53BP1 binding sites. My results have identified novel 53BP1 binding domains which cover broad regions of the genome and occur in mid to late replicating regions of the genome. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 11815037 Université de Strasbourg Strasbourg 2018-12-31 https://theses.hal.science/tel-02918067 application/pdf 15192429 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2017/BANERJEE_Ujjwal_Kumar_2017_ED414.pdf http://www.theses.fr/2017STRAJ121/abes https://theses.hal.science/tel-02918067 https://theses.hal.science/tel-02918067 https://theses.hal.science/tel-02918067 https://theses.hal.science/tel-02918067 Banerjee Ujjwal Kumar 1991-04-14 IN 22741957X 21318907 https://theses.fr/2017STRAJ121 2017STRAJ121 https://doi.org/10.70675/25480b49zc194z4a4bzb6b0z2f84dab6ccef 2017-12-18 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Soutoglou Evi MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 17788312X Huertas-Sànchez Pablo MADS_PRESIDENT_DU_JURY 227420470 Sexton Thomas MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 227420705 Huertas-Sànchez Pablo MADS_RAPPORTEUR_1 227420470 Legube Gaëlle MADS_RAPPORTEUR_2 074189646 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 VS 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:570 Soutoglou Evi Huertas-Sànchez Pablo Sexton Thomas Huertas-Sànchez Pablo Legube Gaëlle École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 11815037 confidentialité 2017-12-18 2019-12-31 confidentialité 2017-12-18 2019-12-31 confidentialité 2017-12-18 2019-12-31 confidentialité 2017-12-18 2019-12-31