Note ABES Caractérisation et ciblage de la reconnaissance dynamique de Trp37-G lors de l’interaction de la protéine NCp7 de HIV-1 avec des acides nucléiques Characterization and targeting the dynamic recognition of Trp37-G during the interaction of NCp7 protein of HIV-1 with nucleic acids VIH-1 Nucléocapside protéine Analogues nucléosidiques fluorescents Thiéoguanosine Primer binding site SL3 Acides nucléiques dynamique Fluorescence spectroscopie Protéine-acides nucléiques interaction HIV-1 Nucleocapsid protein Fluorescent nucleobase analogues Thieoguanosine Primer binding site SL3 Nucleic acid dynamics Fluorescence spectroscopy Protein-nucleic acids interaction 579.2 616.91 Protéines virales VIH (virus) Nucléosides antiviraux Protéines nucléocapside Dissertations universitaires La protéine de la nucléocapside (NC) possède un rôle important dans le cycle de viral du VIH-1 grâce à sa propriété chaperone des acides nucléiques (NA) qui implique la reconnaissance de son résidu Trp37 avec un résidu Guanine de l'acide nucléique cible. Nous avons caractérisé cette reconnaissance dynamique Trp37-G en utilisant des séquences impliquées dans la transcription inverse et l'assemblage de l'ARN génomique. En utilisant les analogues nucléosidiques fluorescents thienoguanosine (thG) et 2-thiényl-3-hydroxychromone (3HCnt), nous avons déterminé l'ensemble des constantes de vitesse cinétiques du mécanisme d’hybridation de la séquence (-)PBS avec (+)PBS en absence et en présence de NC. Nous avons également étudié le rôle du NA sucre dans les complexes NC-ARN et NC-ADN, puisque la protéine NC se lie avec la polarité opposée aux séquences d'ADN et d'ARN. Nous avons confirmé que l'interaction du résidu Trp37 avec les amino-acides de type guanines était critique lors de la formation des complexes avec les deux mutants d’ARN et d’ADN de PBS et de SL3. Enfin, nous avons réalisé un criblage de potentiels inhibiteurs de la protéine NC et examiné les touches identifiées à partir d’un test basé sur la fluorescence de la sonde thG. Nucleocapsid protein (NC) plays crucial roles in HIV-1 life cycle through its nucleic acid (NA) chaperoning property that involves recognition of it’s Trp37 residue with a Guanine residue of the target nucleic acid sequences. Herein, we characterized this dynamic Trp37-G recognition with sequences involved in reverse transcription and genomic RNA packaging. Using the fluorescent thienoguanosine (thG) and 2-thienyl-3-hydroxychromone (3HCnt) nucleoside analogues, we determined the whole set of kinetic rate constants for annealing of (-)PBS with (+)PBS in the absence and presence of NC. We also investigated the role of NA sugar in NC-RNA and NC-DNA complexes, as NC binds with opposite polarity to DNA and RNA sequences. We confirmed that the interaction of the Trp37 residue with guanines was critical for the formation of complexes with both RNA and DNA variants of PBS and SL3. Finally, we performed screening of NC inhibitors and tested the selected hits on a thG-based assay. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 13092538 Université de Strasbourg Strasbourg 2018-12-31 https://theses.hal.science/tel-02918150 application/pdf 14079536 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2018/SHARMA_Rajhans_2018_ED414.pdf http://www.theses.fr/2018STRAJ014/abes https://theses.hal.science/tel-02918150 https://theses.hal.science/tel-02918150 https://theses.hal.science/tel-02918150 https://theses.hal.science/tel-02918150 Sharma Rajhans 1990-09-15 IN 22963981X https://theses.fr/2018STRAJ014 2018STRAJ014 https://doi.org/10.70675/3e0202b3zf8c6z41aezba5dzd3e7197b810e 2018-04-10 Biophysique et biologie structurale Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Mély Yves MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 031370128 Gatto Barbara MADS_PRESIDENT_DU_JURY 229639984 Léonard Jérémie MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 089269233 Gatto Barbara MADS_RAPPORTEUR_1 229639984 Mahuteau-Betzer Florence MADS_RAPPORTEUR_2 167797964 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156502844 Laboratoire de biophotonique et pharmacologie (Strasbourg ; ....-2017) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 156773341 86507 ddc:570 ddc:610 Mély Yves Gatto Barbara Léonard Jérémie Gatto Barbara Mahuteau-Betzer Florence École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Laboratoire de biophotonique et pharmacologie (Strasbourg) PDF 13092538 confidentialité 2018-04-10 2020-04-10 confidentialité 2018-04-10 2020-04-10 confidentialité 2018-04-10 2020-04-10 confidentialité 2018-04-10 2020-04-10