Note ABES The functional and spatial organization of chromatin during Thymocyte development L’organisation fonctionnelle et spatiale de la chromatine pendant le développement des lymphocytes T 3D architecture de génome CHi-C Hi-C Développement des lymphocytes T Facteur de transcription Enhancers Transcription Épigénétique Boucles chromatiniennes Domaines topologiques 3D genome architecture CHi-C Hi-C Thymocyte differentiation Transcription factors Enhancers Transcription Epigenetic Chromatin loops TADs 572.8 Transcription génétique Génomique Analyse conformationnelle Chromatine Conformation Malgré les vastes études démontrant le rôle de la conformation génomique dans le contrôle transcriptionnel, de nombreuses questions restent en suspens, et en particulier, comment ces structures chromatiniennes sont formées et maintenues. Pour mieux comprendre les liens entre l’état de la chromatine au niveau des éléments régulateurs, la topologie de la chromatine et la régulation de la transcription, nous utilisons la technique CHi-C basée sur la technologie de capture de la conformation chromosomique (3C). En utilisant deux stratégies de capture ciblant deux différentes structure chromatiniennes (les boucles chromatiniennes et les domaines topologiques), nous avons pu décrypter la structure chromatinienne associée à la différenciation des thymocytes et mettre en évidence des mécanismes de contrôle transcriptionnel de certains gènes. Les expériences futures de l’équipe vont consister à examiner les facteurs (hors transcription) qui peuvent influencer l'architecture de la chromatine, comme la liaison différentielle des CTCF, et comment ces facteurs peuvent être coordonnés par le contrôle de transcription. Chromosome folding takes place at different hierarchical levels, with various topologies correlated with control of gene expression. Despite the large number of recent studies describing chromatin topologies and their correlations with gene activity, many questions remain, in particular how these topologies are formed and maintained. To understand better the link between epigenetic marks, chromatin topology and transcriptional control, we use CHi-C technique based on the chromosome conformation capture (3C) method. By using two capture strategies targeting two different chromatin structures (chromatin loops and topological domains), we have been able to decipher the chromatin structure associated with thymocyte differentiation and to highlight mechanisms for the transcriptional control of certain genes. Future experiments of the lab will examine mechanisms other than transcription which may influence chromatin architecture, such as differential binding of CTCF, and how these may interplay with transcriptional control and chromatin architecture. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 18719427 Université de Strasbourg Strasbourg 2018-12-31 https://theses.hal.science/tel-02918162 application/pdf 47034996 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2018/Ben_Zouari_Yousra_2018_ED414.pdf http://www.theses.fr/2018STRAJ025/abes https://theses.hal.science/tel-02918162 https://theses.hal.science/tel-02918162 https://theses.hal.science/tel-02918162 Ben Zouari Yousra 1987-09-02 FR 23074527X https://theses.fr/2018STRAJ025 2018STRAJ025 https://doi.org/10.70675/1386d580z2888z41aaz8840z58384a36037b 2018-05-03 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Sexton Thomas MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 227420705 Soutoglou Evi MADS_PRESIDENT_DU_JURY 17788312X Saccani Simona MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 232897727 Kastner Philippe MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 069126003 Boeva Valentina MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 192711342 Saccani Simona MADS_RAPPORTEUR_1 232897727 Manke Thomas MADS_RAPPORTEUR_2 232897832 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:570 Sexton Thomas Soutoglou Evi Saccani Simona Kastner Philippe Boeva Valentina Saccani Simona Manke Thomas École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 18719427 confidentialité 2018-05-03 2020-04-30 confidentialité 2018-05-03 2020-04-30 confidentialité 2018-05-03 2020-04-30 confidentialité 2018-05-03 2020-04-30