Note ABES Detection of microorganism colonies in sequences of high resolution images : early detection of antimicrobial resistance Détection de colonies de microorganismes dans des séquences d’images haute résolution et détection précoce de résistance aux antimicrobiens Analyse d’image Analyse temporelle Apprentissage machine Détection de pathogène Microbiologie Résistance aux antimicrobiens Antimicrobial resistance Image analysis Machine learning Microbiology Pathogen detection Temporal analysis 616.01 006.6 621.36 Microorganismes pathogènes Multiplication in vitro Microorganismes -- Analyse Microorganismes -- Effets des médicaments Résistance aux médicaments Traitement d'images -- Techniques numériques La culture sur milieu gélosé peut être présente sous différentes formes dans l’étude d’échantillons microbiologiques, de la détection de pathogènes jusqu’à l’étude de la résistance de ces même pathogènes aux antibiotiques. Cependant c’est une méthode pouvant s’avérer fastidieuse est relativement lente. L’instrument Evisight que l’on utilise permet de prendre des images des boites de Pétri pendant l’incubation, autorisant ainsi l’utilisation de méthodes de traitement d’images, pour un résultat avant la fin de l’incubation. Nous développons une méthode d’apprentissage profond pour la détection de microorganismes, en image finale tout d’abord, puis en dans un second temps avec l’ensemble des images prises pendant l’incubation. Enfin une troisième étude a été mené afin d’automatiser la méthode de détection de résistance aux antibiotiques via culture sur gélose, mais également obtenir un meilleur temps avant résultat pour cette même méthode. The culture on agar medium can be present in various forms in the study of microbiological samples, from the detection of pathogens to the study of the resistance of these same pathogens to antimicrobials. However it is a method that can be tedious and relatively slow. The Evisight instrument used is able to take images of Petri dishes during incubation, thus allowing the use ofimage processing methods, for a result before the end of the incubation. We develop a deep learning method for the detection of microorganisms, in the final image first, then in a second step with all the images taken during the incubation. Finally, a third study was conducted to automate the method of antimicrobial resistance detection via agar culture, but also to obtain a better time beforeresult. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 12063583 Université de Strasbourg Strasbourg 2020-12-31 application/pdf https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2019/Launay_Aurelien_2019_ED269.pdf Launay Aurélien 1991-04-30 FR 243127758 https://theses.fr/2019STRAD034 2019STRAD034 https://doi.org/10.70675/2ae30397z6582z4a07zbcb3z4fb42316d4e7 2019-10-10 Image et vision Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Hirsch Ernest MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 031415830 Heinrich Christian MADS_PRESIDENT_DU_JURY 161832326 Hirsch Ernest MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 031415830 Heinrich Christian MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 161832326 Daul Christian MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 136645690 Rousseau David MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 092104630 Perrin Guillaume MADS_MEMBRE_DU_JURY_5 180451871 Zallat Jihad MADS_MEMBRE_DU_JURY_6 168631423 Daul Christian MADS_RAPPORTEUR_1 136645690 Rousseau David MADS_RAPPORTEUR_2 092104630 École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156504863 Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 176969721 260728 ddc:610 ddc:004 ddc:620 Hirsch Ernest Heinrich Christian Hirsch Ernest Heinrich Christian Daul Christian Rousseau David Perrin Guillaume Zallat Jihad Daul Christian Rousseau David École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....) Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....) PDF 12063583 confidentialité 2019-10-10 2024-10-11 confidentialité 2019-10-10 2024-10-11 confidentialité 2019-10-10 2024-10-11