Note ABES Développement de méthodes analytiques par spectrométrie de masse pour une meilleure quantification et une caractérisation fine des protéomes Development of mass spectrometry-based analytical methods for a better quantification and a fine characterisation of proteomes Protéomique Spectrométrie de masse Quantification globale Quantification ciblée Acquisition indépendante des données (DIA) Proteomics Mass spectrometry Global quantification Targeted quantification Data-independent acquisition (DIA) 543 572.8 Protéome Protéomique Informatique Analyse quantitative (chimie) Méthodologie Exosomes La protéomique quantitative est un atout considérable pour l’étude des systèmes biologiques à l’échelle protéique, comme en témoigne le large panel de stratégies disponibles. Celui-ci peut être subdivisé de la sorte : stratégies globales, stratégies ciblées et stratégies DIA qui combinent les avantages des deux précédentes. Ce travail de thèse est focalisé sur le développement de méthodes de protéomique quantitative afin d’améliorer la quantification et la caractérisation des protéomes. Le principal verrou résidant dans l’analyse des données, la première partie de mon travail a consisté à évaluer différents logiciels de traitement des données DIA. Suite aux développement et optimisations de différentes méthodes de quantification dans des contextes biologiques variés, leurs performances ont été évaluées afin de répondre au mieux aux questions biologiques posées. Enfin, différentes stratégies analytiques ont été développées afin de caractériser finement des protéomes d’entités cellulaires, à savoir le protéome mitochondrial humain, le contenu protéique d’exosomes tumoraux et d’entités biologiques encapsulées dans les microgouttelettes. Quantitative proteomics is a key asset for the study of biological systems at the protein scale, as highlighted by the large panel of available strategies. It can be subdivided as following: global strategies, targeted strategies and DIA strategies that combine advantages of the first two. This PhD work is focused on the development of quantitative proteomics methods to achieve better quantification and characterisation of proteomes. The bottleneck of these approaches is the data analysis step. That is why my first focus was to benchmark several DIA software tools. I developed and optimised different quantification methods applied to various biological contexts, and further evaluated their performances in order to properly address a series of biological questions. Finally, analytical strategies have been developed to finely characterise proteomes of cellular entities, namely human mitochondrial proteome, protein content of tumor exosomes and biological entities encapsulated into microdroplets. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 123170165 Université de Strasbourg Strasbourg 2021-12-31 application/pdf https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2019/Bons_Joanna_2019_ED222.pdf Bons Joanna 1993-06-09 FR 257835105 https://theses.fr/2019STRAF054 2019STRAF054 https://doi.org/10.70675/fd72e804z5a14z4a17z81fcz95edf1dddc11 2019-12-03 Chimie analytique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Carapito Christine MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 135428866 Cianférani-Sanglier Sarah MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 070341222 Rabilloud Thierry MADS_PRESIDENT_DU_JURY 027978273 Carapito Christine MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 135428866 Cianférani-Sanglier Sarah MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 070341222 Rabilloud Thierry MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 027978273 Pflieger Delphine MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 089289196 Schilling Oliver S. MADS_MEMBRE_DU_JURY_5 253657741 Gillet Ludovic MADS_MEMBRE_DU_JURY_6 15111823X Pflieger Delphine MADS_RAPPORTEUR_1 089289196 Schilling Oliver S. MADS_RAPPORTEUR_2 253657741 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156504081 Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157760502 93777 ddc:540 ddc:570 Carapito Christine Sanglier Sarah Rabilloud Thierry Carapito Christine Sanglier Sarah Rabilloud Thierry Pflieger Delphine Schilling Oliver S. Gillet Ludovic Pflieger Delphine Schilling Oliver S. École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg) PDF 123170165 confidentialité 2019-12-03 2020-12-04 confidentialité 2019-12-03 2020-12-04 confidentialité 2019-12-03 2020-12-04