Fondement structural de la transcription : le backtracking de l'ARN polymérase et sa réactivation
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
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Auteur : Abdelkareem, Moamen
Date de soutenance : 14-10-2019

Directeur(s) de thèse : Weixlbaumer, Albert

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Biophysique et biologie structurale
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Backtracking, Cryo-EM, Sauvetage transcriptionnel
Mots-clés :
  • Transcription génétique
  • Biophysique
  • Cryomicroscopie électronique
Résumé : Ma thèse se focalise sur la compréhension d’un phénomène de transcription, appelé backtracking, qui inactive la RNAP et arrête la transcription. La réactivation des complexes RNAP arrêtés et la reprise de la transcription nécessitent un facteur protéique appelé GreB. L’objectif du projet était d’obtenir des informations structurelles sur: i) la façon dont le retour en arrière inactive la RNAP dans E. coli; et ii) comment GreB sauve la RNAP en marche arrière pour continuer la transcription. À l'aide de SP cryo-EM, j’ai capturé quatre instantanés de RNAP dans différents états. Mes résultats montrent que l'ARN n'est plus aligné avec le site actif. De plus, suite à un retour en arrière, la RNAP adopte de nouvelles modifications de conformation permettant la liaison de GreB. En conséquence, le NTD de GreB entre en contact le site actif de la RNAP et donne des résidus acides qui augmentent l'affinité pour un ion magnésium, ce qui est nécessaire pour la catalyse du clivage de l'ARN mal aligné. Ces quatre reconstructions donnent un aperçu du mécanisme catalytique et de la dynamique du clivage et de l'extension de l'ARN.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2019STRAJ062
Type de ressource : Thèse