Note ABES Motifs de codes circulaires dans les gènes codant les protéines et les ARN ribosomaux Circular code motifs in protein-coding genes and ribosomal RNAs Motifs du code circulaire Code correcteur d'erreurs Code génétique standard L'ARN ribosomique Cadre de lecture Gènes codant les protéines Décalage du cadre Traduction erreurs Circular code motifs Error-correcting code Standard genetic code Ribosomal RNAs Reading frame Protein-coding genes Frameshift Translation errors 004 570 Codes correcteurs d'erreurs (théorie de l'information) Code génétique ARN ribosomiques La thèse porte sur les motifs du code circulaire X, un code correcteur d'erreurs trouvé dans les gènes, qui ont la capacité de trouver le cadre de lecture. Nous avons étudié la conservation des motifs X dans les gènes de différentes espèces et identifié des pressions sélectives spécifiques pour les maintenir. Nous avons aussi identifié des motifs X universels dans l'ARN ribosomique, situés dans des régions fonctionnelles importantes du ribosome et suggérant que les codes circulaires ont représenté une étape importante dans l'émergence du code génétique standard (SGC). Ensuite, nous avons étudié le rôle fonctionnel des motifs X dans la traduction moderne et identifié une forte corrélation entre l'enrichissement des motifs X et le niveau de traduction des gènes. Enfin, nous avons comparé l'optimalité du code X avec le SGC et d'autres codes circulaires maximaux, et identifié une nouvelle fonctionnalité de X dans la minimisation des effets des erreurs après un décalage du cadre. The thesis focuses on motifs of the circular code X, an error-correcting code found in protein-coding genes, which have the ability to synchronize the reading frame. We first investigated the evolutionary conservation of X motifs in genes of different species and identified specific selective pressures to maintain them. We also identified a set of universal X motifs in ribosomal RNAs, which are located in important functional regions of the ribosome and suggest that circular codes represented an important step in the emergence of the standard genetic code (SGC). Then, we investigated the functional role of X motifs in modern translation processes and identified a strong correlation between X motif enrichment in genes and translation levels. Finally, we compared the frameshift optimality of the circular code X with the SGC and other maximal circular codes, and identified a new functionality of the code X in minimizing the effects of translation errors after frameshift events. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 7372139 Université de Strasbourg Strasbourg 2022-12-31 https://theses.hal.science/tel-03855884 application/pdf 6500442 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2020/Dila_Gopal_Krishna_2020_ED269.pdf http://www.theses.fr/2020STRAD027/abes https://theses.hal.science/tel-03855884 https://theses.hal.science/tel-03855884 https://theses.hal.science/tel-03855884 Dila Gopal Krishna 1991-10-09 IN 263483290 https://theses.fr/2020STRAD027 2020STRAD027 https://doi.org/10.70675/831bd4c6z4bf0z434cz9233z3e9b86d70bb5 2020-11-12 Informatique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Michel Christian MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 155859870 Thompson Julie MADS_PRESIDENT_DU_JURY 127630066 118701290 Poch Olivier MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 070441553 070441553 Timsit Youri MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 263483835 Bernot Gilles MADS_RAPPORTEUR_1 083849270 Gaspin Christine MADS_RAPPORTEUR_2 081431481 École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156504863 Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 176969721 260728 ddc:004 ddc:570 Michel Christian Thompson Julie Poch Olivier Timsit Youri Bernot Gilles Gaspin Christine École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....) Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....) PDF 7372139