Cartographie chimique et modélisation de systèmes complexes
Langue Anglais
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Auteur : Casciuc, Iuri
Date de soutenance : 15-09-2020

Directeur(s) de thèse : Varnek, Alexandre - Lehn, Jean-Marie

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Chimie de la matière complexe (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chemoinformatique
Classification : Informatique, Chimie, minéralogie, cristallographie

Mots-clés libres : GTM, QSAR, Criblage virtuel, Conception de chimiothèques, Visualisation de données, Bibliothèques combinatoires dynamiques
Mots-clés :
  • Chimie -- Informatique
  • Bases de données -- Conception
  • Data visualisation
  • Modélisation des données (informatique)
  • Imines - Composés
Résumé : Cette thèse concerne l’utilisation de la Cartographie Topographique Générative (Generative Topographic Mapping – GTM) pour l’analyse et la visualisation de jeux de données, le criblage virtuel et la conception de chimiothèques. La performance en criblage virtuel de modèles GTM de classification multi-cibles (uGTM) a été étudiée et l’utilisation de plusieurs uGTM en consensus a été proposée. Un criblage virtuel utilisant une combinaison de la GTM avec d’autres techniques de chémoinformatique a permis de découvrir 29 nouveaux inhibiteurs de BRD4 dont l’activité a été prouvée expérimentalement. La GTM a été comparée à la méthode MaxMin comme outil de conception de chimiothèques. Il a été trouvé que malgré le fait que les chimiothèques obtenues avec MaxMin sont plus diverses que celles obtenues avec la GTM, cette dernière est plus rapide et peut être appliquée à des jeux de données plus larges. Un protocole de modélisation pour l’analyse de spéciation de bibliothèques combinatoires dynamiques basées sur la réaction de formation d’imines en absence et en présence d’une protéine a été proposé. Les modèles développés sont disponibles au public sur le site de Laboratoire de Chémoinformatique.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2020STRAF011
Type de ressource : Thèse