Note ABES Développement de stratégies analytiques et bioinformatiques en protéomique quantitative : le défi de la quantification de protéines présentes à l’état de traces dans des mélanges biologiques d’extrêmes dynamique et complexité Development of analytical and bioinformatics strategies in quantitative proteomics : the challenge of quantifying trace-level proteins in biological mixtures of extreme dynamics and complexity Analyse protéomique quantitative Spectrométrie de masse Acquisition indépendante des données (DIA) Quantitative proteomic analysis Mass spectrometry Data-Independent Acquisition (DIA) 543 572.8 Protéomique Informatique Spectrométrie de masse Analyse qualitative (chimie) Interactions protéine-protéine Bioinformatique Les stratégies de protéomique quantitative sont très attractives pour l’étude des systèmes biologiques au niveau protéique. Elles peuvent être scindées en trois grandes catégories : les stratégies globales, les stratégies ciblées et les stratégies DIA qui combinent les avantages des deux premières. Ce travail de thèse est axé sur le développement de stratégies analytiques et bioinformatiques en protéomique quantitative, afin d’améliorer la quantification de protéines présentes à l’état de traces. La première partie de mon travail a consisté à optimiser différentes étapes du protocole analytique en me concentrant tout particulièrement sur le mode d’acquisition DIA et le traitement de ces données complexes. Par la suite, différentes méthodes de quantification ont été éprouvées dans plusieurs contextes biologiques afin de répondre au mieux aux problématiques posées. Enfin, différentes stratégies analytiques ont été développées pour étudier les interactions protéine-protéine, afin de mieux appréhender certains processus biologiques, à savoir la biogénèse du ribosome et la régulation des ARNm. Quantitative proteomics strategies are very attractive for the study of biological systems at the protein level. They can be divided into three main categories: global strategies, targeted strategies and DIA strategies that combine the advantages of both. This PhD work is focused on the development of analytical and bioinformatics strategies in quantitative proteomics for improving the quantification of trace-level proteins. My first focus consisted in optimizing different steps of the analytical protocol by focusing on the DIA acquisition mode and the processing of these complex data. Subsequently, different quantification methods have been evaluated in several biological contexts to properly address the issues involved. Finally, different analytical strategies have been developed to study protein-protein interactions to better understand various biological processes, namely ribosome biogenesis and mRNA regulation. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 112256826 Université de Strasbourg Strasbourg 2021-12-31 application/pdf https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2020/Pythoud_Nicolas_2020_ED222.pdf Pythoud Nicolas 1993-02-10 FR 257425578 https://theses.fr/2020STRAF039 2020STRAF039 https://doi.org/10.70675/659636cez02e9z4b19z9e6eze6ece92372f6 2020-12-04 Chimie analytique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Carapito Christine MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 135428866 Romby Pascale MADS_PRESIDENT_DU_JURY 031545009 Carapito Christine MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 135428866 Romby Pascale MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 031545009 Rogniaux Hélène MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 197194818 Pineau Charles MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 142708984 Rabilloud Thierry MADS_MEMBRE_DU_JURY_5 027978273 Bitsch Francis MADS_MEMBRE_DU_JURY_6 197204244 Rogniaux Hélène MADS_RAPPORTEUR_1 197194818 Pineau Charles MADS_RAPPORTEUR_2 142708984 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156504081 Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157760502 ddc:540 ddc:570 Carapito Christine Romby Pascale Carapito Christine Romby Pascale Rogniaux Hélène Pineau Charles Rabilloud Thierry Bitsch Francis Rogniaux Hélène Pineau Charles École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg) PDF 112256826 confidentialité 2020-12-04 2021-07-01 confidentialité 2020-12-04 2021-07-01 confidentialité 2020-12-04 2021-07-01