Note ABES Développement de protéines synthétiques de novo catalysant le transfert de groupements acyles Development of synthetic de novo designed proteins catalyzing acyl transfer reactions Conception de protéines de novo Synthèse totale de protéines Motif superhélice Catalyse enzymatique de liaisons amide De novo protein design Total synthesis of proteins Coiled-coil helices Enzymatic catalysis of amide bond formation 547.21 572.6 Supports de catalyseurs Interactions protéine-protéine Peptides cycliques Synthèse (chimie) Acyltransférases Marqueurs biologiques Le but de cette thèse est de développer une enzyme synthétique de novo capable de catalyser efficacement le transfert de groupes acyles, et notamment la formation de liaisons amide entre deux peptides en n’introduisant aucune restriction de séquence au niveau du site de jonction. En utilisant différents thioesters peptidiques comme substrats, nous avons démontré l’accélération des diverses réactions de transfert de groupements acyles. Des librairies d’analogues ont été synthétisées et ont permis de prouver que la composition du site catalytique a une influence sur l’issue des réactions catalysées. Grâce à la modularité de notre structure protéique, nous avons aussi conçu des analogues de forme plus allongée et envisagé l’émergence de nouvelles activités catalytiques. Les résultats obtenus représentent un point de départ prometteur vers le développement de futurs catalyseurs protéiques pour la ligation et la cyclisation de peptides ainsi que pour le marquage des protéines. The goal of this thesis is to develop a synthetic de novo enzyme for robust catalysis of acyl transfer reactions and more notably of amide bond formation between two peptides with no stringent restrictions to the amino acid composition at the ligation junction. Using peptide thioesters as acyl-donors, we demonstrated their catalyzed aminolysis concomitant with hydrolysis in various acyl transfer reactions. Libraries of analogues were chemically synthesized and proved that the environment at the catalytic site influences the reaction outcome. To further explore the modularity of our de novo protein scaffold, we designed elongated analogues and we also anticipated new emerging properties. The results obtained in this thesis represent a promising starting point for the development of efficient protein catalysts for protein labeling and peptide ligation and cyclization. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 18475062 Université de Strasbourg Strasbourg 2021-12-31 https://theses.hal.science/tel-03499138 application/pdf 18221529 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2020/Naudin_Elise_2020_ED222.pdf http://www.theses.fr/2020STRAF044/abes https://theses.hal.science/tel-03499138 https://theses.hal.science/tel-03499138 https://theses.hal.science/tel-03499138 Naudin Élise 1993-11-27 FR 259211184 https://theses.fr/2020STRAF044 2020STRAF044 https://doi.org/10.70675/ca9df857z7275z49e3z88f3z66c3e2a3f5fa 2020-07-17 Chimie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Torbeev Vladimir MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 231409664 Wagner Alain MADS_PRESIDENT_DU_JURY 127880518 Torbeev Vladimir MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 231409664 Wagner Alain MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 127880518 Guichard Gilles MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 084339268 Melnyk Oleg MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 073947237 Guichard Gilles MADS_RAPPORTEUR_1 084339268 Melnyk Oleg MADS_RAPPORTEUR_2 073947237 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156504081 Institut de science et d’ingénierie supramoléculaires (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157760227 207480 ddc:540 ddc:570 Torbeev Vladimir Wagner Alain Torbeev Vladimir Wagner Alain Guichard Gilles Melnyk Oleg Guichard Gilles Melnyk Oleg École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut de science et d’ingénierie supramoléculaires (Strasbourg) PDF 18475062 confidentialité 2020-07-17 2021-07-18 confidentialité 2020-07-17 2021-07-18 confidentialité 2020-07-17 2021-07-18 confidentialité 2020-07-17 2021-07-18