Note ABES The role of the chromatin organization in DNA double strand break repair in mouse embryonic stem cells Rôle de l’organisation de la chromatine dans la réparation des cassures double brins chez les cellules souches embryoniques Cellules souches de souris Hétérochromatine facultative Domaines bivalents HR NHEJ MMEJ Fidélité de réparation CRISPR/Cas9 Mouse ES cells Facultative heterochromatin Bivalent domains HR NHEJ MMEJ Repair fidelity CRISPR/Cas9 572.8 Cellules souches embryonnaires ADN -- Réparation Recombinaison génétique Hétérochromatine De plusieurs facteurs influencent la réparation de l'ADN, y compris l'organisation locale de la chromatine, l'état de différenciation et du cycle cellulaire. En développant un système CRISPR/Cas9 dans des cellules souches de souris pour induire des cassures des doubles brins dans divers contextes chromatiniens, et HR-TIDE, une méthode pour détecter le résultat de la réparation, nous avons pu montrer que la fréquence de l’utilisation du recombinaison homologue est plus élevée chez les cellules souches que dans les cellules différenciées. Nous avons pu voir qu'il est partiellement causé par des différences de cycle cellulaire. Nous pourrions également confirmer que la chromatine active favorise plutôt la recombinaison homologue, alors que l'hétérochromatine facultative et les domaines bivalents la répriment. Dans l'ensemble, nos données ont mis en lumière le rôle de la chromatine bivalente et de l'hétérochromatine facultative dans le processus de choix de la voie de réparation de l'ADN. Multiple parameters can influence DNA repair, including local chromatin organization around the damage site, cell differentiation status, and a cell cycle state. Developing a CRISPR/Cas9 system in mouse embryonic stem cells for specific targeting chromatin types of interest, and HR-TIDE, a method to detect repair outcome, we were able to show that homologuos recombination frequency, despite often being low, is higher in embryonic stem cells than in differentiated cells. However, we could see that it is at least partially caused by cell cycle differences. We could also confirm that transcriptionally active chromatin is rather promoting homologous recombination, whereas facultative heterochromatin and bivalent domains represent a repressive environment. All in all, our data shed light on the role of bivalent chromatin and facultative heterochromatin in the process of DNA repair pathway choice. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 3286012 Université de Strasbourg Strasbourg 2021-12-31 https://theses.hal.science/tel-03325159 application/pdf 3194417 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2020/Chechik_Liubov_2020_ED414.pdf http://www.theses.fr/2020STRAJ033/abes https://theses.hal.science/tel-03325159 https://theses.hal.science/tel-03325159 https://theses.hal.science/tel-03325159 Chechik Liubov 1989-10-05 RU 256950431 https://theses.fr/2020STRAJ033 2020STRAJ033 https://doi.org/10.70675/7a0f8e0bzfd35z44dbzaf70z67d381d06b41 2020-12-11 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Soutoglou Evi MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 17788312X Schreiber Valérie MADS_PRESIDENT_DU_JURY 076534235 Soutoglou Evi MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 17788312X Schreiber Valérie MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 076534235 Lopes Massimo MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 166053929 Hajkova Petra MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 189821043 Lopes Massimo MADS_RAPPORTEUR_1 166053929 Hajkova Petra MADS_RAPPORTEUR_2 189821043 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:570 Soutoglou Evi Schreiber Valérie Soutoglou Evi Schreiber Valérie Lopes Massimo Hajkova Petra Lopes Massimo Hajkova Petra École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 3286012