Note ABES Etude évolutive multi-niveaux des gènes de la multiciliation chez les métazoaires Multi-level evolutionary study of multiciliation genes in metazoa Génomique comparative Évolution Multiciliation Relations génotype-phénotype Comparative genomics Evolution Multiciliation Genotype-phenotype relations 572.8 Métazoaires Ressources génétiques Génomique comparative Séquençage des acides nucléiques Chémogénomique Banques de données A l’ère des approches à haut-débit où les flux de données sont abondants, bon nombre de processus restent encore largement inexplorés. Les approches intégratives représentent de nouvelles méthodes de choix pour l’étude de tels systèmes biologiques en permettant leur caractérisation selon plusieurs angles. Dans ce contexte, les travaux de cette thèse ont porté sur l’étude de la multiciliation, processus complexe encore méconnu, par l’intégration de données évolutives et fonctionnelles à plusieurs niveaux de granularité. Après avoir établi un bilan évolutif de la multiciliation, ces travaux ont mené à la conception de BLUR, une nouvelle ressource de génomique comparative conçue pour détecter des divergences de séquence atypiques au sein de familles protéiques à l’échelle d’un protéome complet. Son application à la multiciliation au cours d’une approche intégrative couplant génomique comparative et génomique fonctionnelle a permis d’exploiter la signature évolutive particulière de la multiciliation pour identifier de nouveaux gènes candidats multiciliés. In the era of high-throughput technologies where data flow is abundant, many processes are still poorly characterized. Integrative approaches represent a whole new array of methods particularly well suited to the study of such biological systems by allowing their description through various perspectives. In that context, this thesis focuses on multiciliation, a complex process about which knowledge is still limited, through the integration of both evolutionary and functional data of different levels of granularity. After shedding light on the evolution of known multiciliation genes, this thesis work led to the development of BLUR, a new comparative genomics resource designed to detect atypical sequence divergences within protein families at the whole proteome scale. Its application to multiciliation in the course of an integrative approach combining comparative and functional genomics allowed for the exploitation of the peculiar evolutionary signature of multiciliation to identify new candidate genes linked to that process. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 9969926 Université de Strasbourg Strasbourg 2021-12-31 https://theses.hal.science/tel-03504603 application/pdf 9526296 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2020/Defosset_Audrey_2020_ED414.pdf http://www.theses.fr/2020STRAJ037/abes https://theses.hal.science/tel-03504603 https://theses.hal.science/tel-03504603 https://theses.hal.science/tel-03504603 https://theses.hal.science/tel-03504603 Defosset Audrey 1993-03-21 FR 259249238 https://theses.fr/2020STRAJ037 2020STRAJ037 https://doi.org/10.70675/27a75786z96d0z4e99za195zc51c0e0b52ec 2020-09-11 Bioinformatique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Lecompte Odile MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 070441251 Poch Olivier MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 070441553 Barbry Pascal MADS_PRESIDENT_DU_JURY 088456323 Lecompte Odile MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 070441251 Poch Olivier MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 070441553 Barbry Pascal MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 088456323 Pontarotti Pierre MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 14869196X Friedrich Anne MADS_MEMBRE_DU_JURY_5 128643811 Lane-Guermonprez Lydie MADS_MEMBRE_DU_JURY_6 076447685 Barbry Pascal MADS_RAPPORTEUR_1 088456323 Pontarotti Pierre MADS_RAPPORTEUR_2 14869196X École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156502844 Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 176969721 217648 ddc:570 Lecompte Odile Poch Olivier Barbry Pascal Lecompte Odile Poch Olivier Barbry Pascal Pontarotti Pierre Friedrich Anne Lane-Guermonprez Lydie Barbry Pascal Pontarotti Pierre École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg) PDF 9969926