Note ABES Quantification des affinités PBM/PDZ et de leurs sites modulateurs par des approches expérimentales et informatiques à haut débit PBM/PDZ affinities quantification and their modulating sites by experimental and computational approaches PDZ Interaction domaine-motif Modifications post-traductionnelles Analyse quantitative d’interactomes PDZ Domain-motif interaction Post-translational modifications Quantitative analysis of interactomes 571.4 572.8 Bioinformatique Protéines -- Modifications posttraductionnelles Dynamique moléculaire Affinité chimique Domaines PDZ Dissertation universitaire Protéine basique majeure de l'éosinophile Dissertation universitaire Ce travail a porté sur les domaines PDZ, une famille de domaines globulaires reconnaissant des motifs de liaison aux PDZ (appelés PBM, pour ‘PDZ-Binding Motifs’) généralement situés à l'extrémité C-terminale de leurs protéines partenaires. Les réseaux domaines-motifs sont souvent modulés par des modifications post-traductionnelles réversibles (PTM). Nous avons utilisé des PBM synthétiques simulant différentes conditions: motifs sauvages de diverses longueurs, acétylés, phosphorylés ou portant des mutations ‘imitant’ les PTM. Ces peptides ont été utilisés pour des études d'interaction à l'aide du test ‘Hold-Up’, un test développé à l'origine dans notre laboratoire. Nous avons évalué l'impact de diverses modifications des complexes PBM/PDZ, qui conduisent à un changement global de leur capacité de liaison du PDZ. Ces résultats fournissent des informations quantitatives sur l'effet biologique que de telles modifications pourraient avoir dans le contexte des protéines entières. This thesis focuses on PDZ domains, a family of globular domains that bind to conserved PDZ-Binding Motifs (called henceforth PBMs) generally situated at the extreme C-terminus of their partner proteins. Domain-motif networks are often modulated by reversible post-translational modifications (PTMs). We used synthetized PBMs to reproduce different conditions, such as a wild-type, acetylation or phosphorylation, addition of extra exosites or residue mimication of PTM in the literature. These peptides were used for interaction studies using the holdup assay, an assay originally developed in our laboratory. We evaluated the impact of diverse modifications of the PBM/PDZ interactions, which led to a global change of the PDZ-binding capability. These results provided quantitative information on the biological effects that such modifications may have in the context of full-length proteins. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 10781944 Université de Strasbourg Strasbourg 2021-12-31 https://theses.hal.science/tel-03505704 application/pdf 10658564 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2020/Jane_Palli_Pau_2020_ED414.pdf http://www.theses.fr/2020STRAJ051/abes https://theses.hal.science/tel-03505704 https://theses.hal.science/tel-03505704 https://theses.hal.science/tel-03505704 https://theses.hal.science/tel-03505704 Jané Palli Pau 1992-03-12 ES 259254657 https://theses.fr/2020STRAJ051 2020STRAJ051 https://doi.org/10.70675/a74ac96dz6027z4fa1z8788z06e7893b6321 2020-10-07 Bioinformatique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Travé Gilles MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 060911735 Nominé Yves MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 074333216 Thompson Julie MADS_PRESIDENT_DU_JURY 118701290 Travé Gilles MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 060911735 Nominé Yves MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 074333216 Thompson Julie MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 118701290 Ivarsson Ylva MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 259254673 Luck Katja MADS_MEMBRE_DU_JURY_5 168733005 Gibson Toby MADS_MEMBRE_DU_JURY_6 25925469X Ivarsson Ylva MADS_RAPPORTEUR_1 259254673 Luck Katja MADS_RAPPORTEUR_2 168733005 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:570 Travé Gilles Nominé Yves Thompson Julie Travé Gilles Nominé Yves Thompson Julie Ivarsson Ylva Luck Katja Gibson Toby Ivarsson Ylva Luck Katja École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 10781944