Note ABES Etude génomique multi-espèces de la réponse adaptative au stress oxydatif Multi-species genomic study of oxidative stress response and adaptation Réponse au stress Evolution Approche comparative Régulation par TGFß Pantothénate Stress response Evolution Comparative approach TGFß regulation Pantothenate 576.5 Vertébrés génétique Résistance au stress Biologie Génétique de l'évolution Bioinformatique Durant cette thèse, j'ai employé des approches de transcriptomique comparative pour identifier des processus biologiques impliqués dans la réponse au stress et l’adaptation. Cette étude a mis en évidence l’existence d’un jeu de gènes conservés entre des espèces de vertébrés. L’étude de ces gènes a révélé qu’ils codent majoritairement pour des protéines de la matrice extracellulaire et qu’ils sont co-exprimés, suggérant leur implication dans un même processus de régulation en réponse à un stress. Des études en réseau ont proposé que ces gènes seraient régulés par la voie de signalisation TGFß associée aux facteurs de signalisation CD44 et SRC. En parallèle, j’ai mené une étude de génomique comparative portant sur l’évolution de la voie de biosynthèse du pantothénate chez des bactéries du groupe Candidatus poribacteria. Cette étude a démontré une distribution en mosaïque de deux voies jusqu’alors considérées comme caractéristiques des bactéries et des archées. Par ailleurs, j’ai également développé un outil informatique, PROTEDEX, pour l'analyse intégrative et standardisée de listes de gènes, utilisant des données évolutives et fonctionnelles. During this thesis project, I used comparative transcriptomic approaches to identify biological processes involved in stress response and adaptation. This study demonstrated the existence of a set of conserved genes between vertebrate species. The study of these genes revealed that they predominantly encode proteins of the extracellular matrix and that they are co-expressed, suggesting their involvement in a common regulatory pathway in response to stress. Network analyzes proposed that these genes are regulated by the TGFβ signaling pathway and associated with the signaling factors CD44 and SRC. In parallel, I conducted a comparative genomics study on the evolution of the pantothenate biosynthetic pathway in bacteria of the group Candidatus poribacteria. This study demonstrated a mosaic distribution of two pathways previously identified as characteristic of bacteria and archaea. In addition, I also developed a bioinformatic tool, PROTEDEX, for integrative and standardized analysis of gene lists, using evolutionary and functional data. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 12172482 Université de Strasbourg Strasbourg 2022-12-31 https://theses.hal.science/tel-03539456 application/pdf 12035908 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2020/Thomes_Luc_2020_ED414.pdf http://www.theses.fr/2020STRAJ067/abes https://theses.hal.science/tel-03539456 https://theses.hal.science/tel-03539456 https://theses.hal.science/tel-03539456 https://theses.hal.science/tel-03539456 Thomès Luc 1993-10-06 FR 259876828 https://theses.fr/2020STRAJ067 2020STRAJ067 https://doi.org/10.70675/9321ae18zf7e1z454azaabdzd4f01a10941b 2020-09-04 Bioinformatique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Lescure Alain MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 117665509 Jossinet Fabrice MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 060809167 Lecompte Odile MADS_PRESIDENT_DU_JURY 070441251 070441251 Lescure Alain MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 117665509 Jossinet Fabrice MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 060809167 Lecompte Odile MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 070441251 070441251 Feelisch Martin MADS_MEMBRE_DU_JURY_4 069953325 Gaspin Christine MADS_MEMBRE_DU_JURY_5 081431481 Calenge Fanny MADS_MEMBRE_DU_JURY_6 085273546 Briens Mickaël MADS_MEMBRE_DU_JURY_7 190827327 Feelisch Martin MADS_RAPPORTEUR_1 069953325 Gaspin Christine MADS_RAPPORTEUR_2 081431481 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 156502844 Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg ; 1992-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157545687 Architecture et réactivité de l'ARN / ARN MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_2 93780 ddc:570 Lescure Alain Jossinet Fabrice Lecompte Odile Lescure Alain Jossinet Fabrice Lecompte Odile Feelisch Martin Gaspin Christine Calenge Fanny Briens Mickaël Feelisch Martin Gaspin Christine École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg) Architecture et réactivité de l'ARN / ARN PDF 12172482 restriction 2020-09-04 2021-02-28 restriction 2020-09-04 2021-02-28