Analyse de la base transcriptionnelle de la transdifférenciation naturelle chez Caenorhabditis elegans
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 01/01/2022.
  • Thèse soumise à l'embargo de l'auteur jusqu'au 01/01/2022 (communication intranet).
 
Auteur : Osuna Luque, Jaime
Date de soutenance : 13-05-2020

Directeur(s) de thèse : Jarriault, Sophie - Meister, Peter

Établissement de soutenance : Strasbourg - Université de Berne
Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Biologie cellulaire et développement
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Animaux. Zoologie

Mots-clés libres : Caenorhabditis elegans, DamID, Y-to-PDA, Transdifférenciation
Mots-clés :
  • Caenorhabditis elegans
  • Différenciation cellulaire
  • Génie génétique
  • Facteurs de transcription
Résumé : Au cours de ce projet de doctorat, j'ai étudié un événement de transdifférenciation naturelle se produisant naturellement in vivo dans une seule cellule en utilisant le ver nématode Caenorhabditis elegans comme organisme modèle. Cette cellule, appelée Y, se différencie d'une identité rectale en une identité moto-neurone appelée PDA. Ce système a fourni des informations clés sur la transition et les étapes cellulaires impliquées dans la transdifférenciation et l'identification des facteurs nucléaires conservés cruciaux pour le démarrage du processus, ou sur l'importance relative et les rôles des facteurs de transcription par rapport aux facteurs de modification des histones pour la dynamique et la robustesse du conversion. Ces preuves suggèrent que de nombreux gènes sont activés ou désactivés. Cependant, la dynamique transcriptionnelle de la transition reste inconnue. Cet événement de transdifférenciation ne peut pas être étudié in vitro. J'ai donc besoin d'utiliser des animaux entiers pour comprendre comment ce processus fonctionne, dans une seule cellule. Pendant le développement de mon travail de thèse, j'ai mis en place de nouvelles façons d'utiliser une méthodologie appelée DamID, que j'ai implémentée sur des animaux entiers. L'identification de l'ADN adénine méthyltransférase (DamID) utilise une fusion entre une protéine d'intérêt, dans notre cas une sous-unité d'ARN polymérase et une adénine méthyltransférase bactérienne (Dam). La liaison de l'ARN polymérase aux gènes transcrits conduit à la méthylation de l'ADN de leur locus génomique, qui peut ensuite être identifié à l'aide de techniques moléculaires. Afin de limiter l'expression des dam ::fusion à la cellule transdifférenciante, j'ai utilisé différentes méthodologies, y compris les systèmes de recombinaison in vivo et le tri cellulaire activé par fluorescence. Ce travail de thèse a produit une collection de gènes spécifiques Y qui peuvent aider à mieux comprendre comment les initiations de la transdifférenciation Y-PDA et quels acteurs clés moléculaires régulent le début de cet événement de transdifférenciation naturelle chez Caenorhabditis elegans. Ce travail de doctorat a également généré un nouveau pipeline DamID utilisant les technologies Oxford Nanopore qui sera extrêmement utile pour mener des études de biologie moléculaire en utilisant ce nématode ou d'autres organismes modèles.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2020STRAJ073
Type de ressource : Thèse