Note ABES Développement de stratégies analytiques en protéomique quantitative : quantification des protéines de la cellule hôte par spectrométrie de masse comme outil de contrôle qualité pour l’industrie biopharmaceutique Development of analytical strategies in quantitative proteomic : quantitation of host cell proteins by mass spectrometry as a quality control tool for the biopharmaceutical industry Protéomique quantitative Spectrométrie de masse Acquisition indépendantes des données (DIA) Protéines de la cellule hôte (HCPs) Quantitative proteomics Mass spectrometry Data-independent acquisition (DIA) Host cell proteins (HCPs) 543 Chimie analytique Protéomique Spectrométrie de masse Les stratégies de protéomique quantitative par spectrométrie de masse sont très attractives pour le suivi des protéines de la cellule hôte lors de la production d’anticorps thérapeutiques. Elles peuvent être divisées en trois catégories : les stratégies globales, les stratégies ciblées et les stratégies DIA qui combinent les avantages des deux précédentes.Ce travail de thèse est articulé sur le développement de stratégies analytiques et bioinformatiques en protéomique quantitative pour l’identification et la quantification d’impuretés protéiques à l’état de traces. La première partie de mon travail implique les optimisations de différentes étapes du protocole analytique en me concentrant sur un standard de quantification innovant, le mode d’acquisition DIA et le traitement de ces données complexes. Ces développements ont été réalisées afin d’assister les différentes étapes de la chaine de production des anticorps. Par la suite, une méthode de quantification globale a été optimisées pour le suivi des impuretés protéiques présentes dans les substances médicamenteuses finales qui représentes un véritable défi analytique. Enfin, La troisième partie a consisté à développer une stratégie analytique ciblée sur une plateforme MS dédiée à l'analyse de routine. Quantitative proteomics strategies based on mass spectrometry are very attractive for the monitoring of host cell proteins during the manufacture of therapeutic antibodies. They can be divided into three categories: global strategies, targeted strategies and DIA strategies that combine the advantages of both.This PhD work is focused on the development of analytical and bioinformatics strategies in quantitative proteomics for the identification and quantification of trace-level proteins. My first focus involves the optimization of different steps of the analytical protocol by focusing on an innovative quantification standard, the DIA acquisition mode and the processing of these complex data. These developments were performed in order to assist the different steps of the manufacturing process of antibodies. Then, a global quantification method was optimized for the monitoring of protein impurities present in the final drug substances, which represent a real analytical challenge. Finally, the third part consisted in developing a targeted analytical strategy on a MS platform dedicated to routine analysis. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 10600747 Université de Strasbourg Strasbourg 2022-12-31 https://theses.hal.science/tel-03934764 application/pdf 10519945 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2021/Hessmann_Steve_2021_ED222.pdf http://www.theses.fr/2021STRAF035/abes https://theses.hal.science/tel-03934764 https://theses.hal.science/tel-03934764 https://theses.hal.science/tel-03934764 https://theses.hal.science/tel-03934764 Hessmann Steve 1993-11-25 FR 262913208 0304013748B 21405194 4200003 https://theses.fr/2021STRAF035 2021STRAF035 https://doi.org/10.70675/644795d7z662ez41adzb2fbz99c7e0546bc3 2021-12-06 Chimie analytique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Carapito Christine MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 135428866 Ferro Myriam MADS_PRESIDENT_DU_JURY 157627985 Cherry Cyrille MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 262913399 Cianférani-Sanglier Sarah MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 070341222 O'Hara John MADS_MEMBRE_DU_JURY_3 224849786 224849786 Ferro Myriam MADS_RAPPORTEUR_1 157627985 Bracewell Daniel MADS_RAPPORTEUR_2 224849271 224849271 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 222 156504081 Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157760502 93777 ddc:540 Carapito Christine Ferro Myriam Cherry Cyrille Cianferani Sarah O'Hara John Ferro Myriam Bracewell Daniel École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg) PDF 10600747 confidentialité 2021-12-06 2022-12-31 confidentialité 2021-12-06 2022-12-31 restriction 2021-12-06 2022-12-31 confidentialité 2021-12-06 2022-12-31 confidentialité 2021-12-06 2022-12-31