Modélisation de la dynamique de la chromatine à l’aide de processus gaussiens et de la physique des polymères
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 01/09/2022.
  • Thèse soumise à l'embargo de l'auteur jusqu'au 23/03/2022 (communication intranet).
 
Auteur : Monteiro Oliveira, Guilherme
Date de soutenance : 23-03-2021

Directeur(s) de thèse : Molina, Nacho

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Sciences de la vie et de la santé
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Processus gaussien, Mouvement brownien fractionné, GP-FBM, Statistiques bayésiennes, Physique des biopolymères, Dynamique de la chromatine, HoxA, Interphase, Mitose
Mots-clés :
  • Chromatine - Modèles mathématiques
  • Biophysique
  • Polymères
Résumé : Comprendre l'organisation de la chromatine et son rôle dans la régulation des gènes sont d'une importance majeure, mais sa dynamique a été largement négligée jusqu'à ces dernières années. Je présente des résultats concernant les propriétés dynamiques de la chromatine dans diverses étapes du cycle cellulaire et une connexion possible entre l'activité des gènes et les propriétés de diffusion locale. Je développe la GP-FBM, une nouvelle méthode basée sur les processus gaussiens et le mouvement brownien fractionnel, que infère les coefficients de diffusion apparente et d’anomalie avec plus de précision que d'autres méthodes populaires et corrige pour les mouvements de fond. Je présente également un nouveau modèle de biopolymère dans laquelle les cartes Hi-C sont utilisées pour modéliser les interactions à longue portée de la chromatine. En outre, les données ChIP-seq sont utilisées pour calibrer les propriétés locales de l'environnement nucléaire. Ce modèle a permis de récapituler les résultats expérimentaux pour certains loci du domaine HoxA dans des cellules de souris.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2021STRAJ006
Type de ressource : Thèse