Note ABES Structural and functional studies on transcriptional proofreading by GreA Étude structurale et fonctionnelle de l’activité de relecture par GreA au cours de la transcription ARN polymérase Transcription Relecture GreA Cryo-microscopie électronique RNA polymerase Transcription Proofreading GreA Cryo-electron microscopy 572.8 Transcription génétique ARN polymérases Facteurs de transcription Universellement, la transcription de l’ADN en ARN, est effectuée par l’ARNpolymérase (RNAP). Au cours de ce processus, un substrat NTP incorrect peutêtre incorporé dans la molécule d’ARN naissante, résultant en la RNAP entre dansun état de rétrogradé et ne peut pas poursuivre l’élongation de l’ARN. Pour se sortirde cet état et reprendre son activité de transcription, la RNAP coupe la partieerronée de l’ARN. L’efficacité de ce processus catalytique de relecture est accrue enprésence de facteurs de clivage GreA dans E. coli. Les structures ont été obtenuespar cryo-EM d’un complexe rétrogradé d’un nucléotide avec et sans le facteur declivage GreA, montrant l’importance du motif structurel de la RNAP connu sous lenom « trigger loop », et du processus de sélection de GreA parmi d’autres facteursde transcription structurellement similaires. De plus, les structures ainsi que lesrésultats des tests de transcription in vitro montrent les différentes manières queGreA participe au clivage. The first step of gene expression, transcription of DNA to RNA, is carried outby DNA-dependent RNA polymerase (RNAP). During this process, an incorrectNTP substrate might be incorporated into the growing RNA molecule. Whenthis occurs, RNAP enters a backtracked state in which it cannot continue withelongation of the RNA. To rescue itself from this backtracked state, RNAP cuts offthe erroneous portion of the RNA in a catalytic process whose efficiency is increasedin the presence of specific cleavage factors (GreA in bacteria, TFIIS in eukaryotes).Cryo-EM structures of a complex backtracked by 1 nucleotide with and withoutthe cleavage factor GreA bound to the secondary channel were used to addressquestions related to the process of proofreading in E. coli RNAP, specifically thoseof the importance of the RNAP structural motif known as the trigger loop, andthe process of selection for GreA amongst other structurally similar transcriptionfactors. In addition to this, the structural data along with results from in vitrotranscription assays show that GreA participates in cleavage in multiple ways.Key words: RNA polymerase, transcription, proofreading, GreA, cryo-electronmicroscopy Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 9766186 Université de Strasbourg Strasbourg 2022-12-31 https://theses.hal.science/tel-03701542 application/pdf 9788337 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2021/Eduljee_Ayesha_2021_ED414.pdf http://www.theses.fr/2021STRAJ011/abes https://theses.hal.science/tel-03701542 https://theses.hal.science/tel-03701542 https://theses.hal.science/tel-03701542 Eduljee Ayesha Dinshaw 1993-11-29 FR 261442198 0EFB1S08EL7 21726321 4200047 https://theses.fr/2021STRAJ011 2021STRAJ011 https://doi.org/10.70675/27cce8d0zdc6dz4d77z9f4dzd631b6a7c7f5 2021-05-03 Biophysique et biologie structurale Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Weixlbaumer Albert MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 203324730 Klaholz Bruno MADS_PRESIDENT_DU_JURY 148649653 Artsimovitch Irina MADS_RAPPORTEUR_1 185133401 Grohmann Dina MADS_RAPPORTEUR_2 262818884 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:570 Weixlbaumer Albert Klaholz Bruno Artsimovitch Irina Grohmann Dina École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 9766186 confidentialité 2021-05-03 2022-05-03 confidentialité 2021-05-03 2022-05-03 confidentialité 2021-05-03 2022-05-03 confidentialité 2021-05-03 2022-05-03