La dynamique des boucles chromatiniennes pendant la transition des cellules souches hématopoïétiques en lymphocytes T
Langue Anglais
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Auteur : Karasu, Nezih
Date de soutenance : 10-05-2021

Directeur(s) de thèse : Sexton, Tom

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Médecine et santé

Mots-clés libres : Boucles chromatiniennes, Enhancer, Promoteur, Capture-HiC, Gene expression, DN2, DN3, DP – LT-HSC, 4C, TADs
Mots-clés :
  • Chromatine
  • Facteurs de transcription
  • Lymphocytes T
  • Promoteurs (génétique)
Résumé : L’identité cellulaire est reflétée par une organisation 3D particulière du génome qui est lié à l’expression d’un programme transcriptionel précis. Les enhancer sont des éléments régulateurs distaux qui permettent une surexpression de leur gènes cibles. On pense que cette régulation a lieu grâce à des boucles chromatiniennes. La technique de Promoter Capture-HiC révélant les interactions des promoteurs de l’ensemble des gènes a été adaptée pour analyser un nombre de cellules très réduit (100000) telles que les cellules pré-T (DN2) et leur progéniteur (LT-HSC). Ceci a permis de suivre les changements d’interactions au cours du développement et de les corréler avec les données transcriptomique. De précédentes études ont conclu que les boucles chromatiniennes avait le rôle soit de préparer à l’activation de la transcription, soit de l’activer directement. J’ai caractérisé et validé des interactions enhancer-promoteur des gènes clés pour les cellules T. Bien que les interactions varient au cours du développement, une grande partie d’entre elles semblaient être faiblement liées à l’activation de la transcription et suggère que les interactions sont d’un type différent. L’ensemble des interactions adoptent néanmoins un état spécifique de chaque type cellulaire.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2021STRAJ012
Type de ressource : Thèse