Note ABES Dissection of the phenotypic expressivity across a natural population Caractérisation de la variation d’expressivité au sein d’une population Relations génotype-phénotype Génomique des populations Levure GWAS Transcriptome Mutagénèse par insertion de transposons Genotype-phenotype relationship Population genomics Yeast GWAS Transcriptome Transposon mutagenesis 572.8 Génétique des populations Phénotype Saccharomyces cerevisiae L’élucidation des origines génétiques des traits complexes reste une problématique majeure en biologie. Ces dix dernières années, les projets de reséquençage de milliers d’individus d’une même espèce ont permis d’explorer la diversité génétique au sein des génomes. Des études d’association pangénomique ont alors été initiées pour identifier les variants génétiques impliqués dans la variance phénotypique observée dans des populations étudiées. Cependant, les variants détectés n’expliquent qu’une portion plus ou moins importante de la variance phénotypique. Mieux caractériser la relation entre génotypes et phénotypes a ainsi été la base de mes travaux de thèse. Pour cela, une collection de plus de 1000 isolats naturels de Saccharomyces cerevisiae divers et séquencés a été une ressource clé pour disséquer dans un premier temps les origines génétiques de la variation du niveau d’expression de plus de 6000 gènes au sein de cette espèce. Dans un second temps, une stratégie de mutagénèse par insertion de transposons réalisée dans une centaine d’isolats de levure a permis d’estimer dans quelles proportions le fonds génétique impacte la variation des phénotypes. Unravelling the genetic basis under complex traits is a major issue in biology. This last decade, resequencing projects including thousands of individuals from the same species allowed the survey of the genetic diversity along the genomes. Genome-wide association studies (GWAS) were then initiated to identify genetic variants involved in the phenotypic variance observed across natural populations. However, these genetic variants only explained a more or less extensive fraction of the observed phenotypic variances. The goal of my thesis was to obtain a better overview of the genotype-phenotype relationship. To this end, a collection of more than 1,000 Saccharomyces cerevisiae natural isolates previously sequenced was at first powerful enough to explore the genetic basis of gene expression variation in more than 6000 genes across this species. Secondly, a transposon mutagenesis strategy was used in one hundred of yeast natural isolates to provide an estimation of the genetic background effect on phenotypic variation after gene loss-of-functions. Electronic Thesis or Dissertation Text en fr PDF 25865820 Université de Strasbourg Strasbourg 2023-12-31 https://theses.hal.science/tel-04056188 application/pdf 11408889 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2021/Caudal_Elodie_2021_ED414.pdf http://www.theses.fr/2021STRAJ035/abes https://theses.hal.science/tel-04056188 https://theses.hal.science/tel-04056188 https://theses.hal.science/tel-04056188 https://theses.hal.science/tel-04056188 Caudal Élodie 1993-07-23 FR 261954660 1404045340P 21501444 4200047 https://theses.fr/2021STRAJ035 2021STRAJ035 https://doi.org/10.70675/ddd2243fz54e9z40b5zb946z3a970db3e679 2021-09-22 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Schacherer Joseph MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 101873336 Meignin Carine MADS_PRESIDENT_DU_JURY 238184706 Wincker Patrick MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 033357277 Dujon Bernard MADS_RAPPORTEUR_1 087734575 Marullo Philippe MADS_RAPPORTEUR_2 096350601 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 156733447 93783 ddc:570 Schacherer Joseph Meignin Carine Wincker Patrick Dujon Bernard Marullo Philippe École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg) PDF 25865820