Algorithmes de phasage de polyploïdes et leurs applications
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 31/03/2022.
 
Auteur : Abou Saada, Omar
Date de soutenance : 27-09-2021

Directeur(s) de thèse : Schacherer, Joseph - Friedrich, Anne

Président : Lecompte, Odile
Rapporteur(s) : Weigel, Detlef - Wolfe, Ken
Membre(s) du jury : Aury, Jean-Marc

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Polyploïde, Phasage, Levure, Génomique de population
Mots-clés :
  • Polyploïdie
  • Saccharomyces cerevisiae
  • Génétique des populations
Résumé : La polyploïdie est répandue dans le monde vivant mais reste peu explorée. Nous avons développé nPhase, une méthode de phasage ploïdie agnostique basée sur l'alignement que nous avons ensuite appliqué à deux populations de levures. Saccharomyces cerevisiae est une levure utilisée pour brasser de la bière depuis des milliers d'années. Ces levures de bière sont polyphylétiques, avec différentes sous-populations domestiquées de ploïdie et de diversité génétique variables. Nous avons séquencé et phasé 35 souches de bière et identifié trois sous-populations principales. Brettanomyces bruxellensis est une levure permettant de brasser des bières belges de spécialité, le kombucha et est un contaminant du vin. Nous avons séquencé et phasé 71 souches et identifié plusieurs trajectoires de polyploïdisation distinctes et indépendantes, mettant en évidence des événements d'auto- et d'allo-polyploïdisation. Nos travaux ont permis de mieux étudier ces populations polyploïdes.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2021STRAJ038
Type de ressource : Thèse