Note ABES Assessing the links between enhancer-promoter proximity, local chromatin dynamics and gene activity Proximité entre promoteur et enhancer et l’étude de leurs propriétés de diffusion au cours de la transcription Sox2 Dynamique de la chromatine Imagerie en direct Transcription ARN Pol II Sox2 Chromatin dynamics Live-imaging Transcription RNA Pol II 572.8 572.6 Promoteurs (génétique) Facteurs de transcription Chromatine Le lien entre la dynamique de la chromatine et la transcription reste flou, notamment parce que très peu de loci ont été évalués. Dans cette étude, en utilisant le locus autour du gène de la pluripotence Sox2 comme modèle, j'ai réalisé un double marquage pour suivre la communication et la mobilité du promoteur et de l'enhancer, couplé à un marquage de l'ARN naissant de Sox2 et étudié la dynamique de la machinerie protéique transcriptionnelle. Contrairement à une étude précédente, j'ai observé́ que Sox2 est très proche de son enhancer mais aussi, que leur distance de séparation n'est pas totalement corrélée avec l’activation de la transcription. La perturbation de l'expression de Sox2 lors de la différenciation des cellules, des délétions de parties de l'enhancer et de l'inhibition de l'initiation transcriptionnelle, ont montré́ que la mobilité́ est augmentée spécifiquement au niveau du promoteur de Sox2 en même temps que l'activation de la transcription. Cependant,les loci participant à l’activation de la transcription ne présentent pas une dynamique chromatinienne sensiblement différente lorsqu’ils sont transcriptionnellement inactifs. The link between chromatin dynamics and transcription remains largely unclear, not least because so few loci have been assessed. In this study, using the locus around the pluripotency gene Sox2 as a model, I performed double-label ANCHOR to track promoter and enhancer communication and mobility, coupled to labelling of nascent Sox2 RNA and studies of the dynamics of the transcriptional protein machinery. Contrary to a previous study, I observed that Sox2 is in very close proximity with its enhancer, but also that the exact separation distance does not exactly correlate with transcriptional bursting. Perturbation of Sox2 expression upon differentiation, deletions within the enhancer and inhibition of transcriptional initiation, showed that the apparent diffusive speed is increased specifically at Sox2 promoter together with transcriptional activation. However, loci participating in transcriptional bursts do not have notably different chromatin dynamics to poised loci. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 18317942 Université de Strasbourg Strasbourg 2022-12-31 https://theses.hal.science/tel-03699502 application/pdf 18358414 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2021/Platania_Angeliki_2021_ED414.pdf http://www.theses.fr/2021STRAJ102/abes https://theses.hal.science/tel-03699502 https://theses.hal.science/tel-03699502 https://theses.hal.science/tel-03699502 Platania Angeliki 1991-12-28 FR 263047784 0EFB1R08G79 21626350 4200047 https://theses.fr/2021STRAJ102 2021STRAJ102 https://doi.org/10.70675/14c9fde0z5b79z45fczb67bzae829345fa90 2021-07-23 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Sexton Thomas MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 227420705 Sumara Izabela MADS_PRESIDENT_DU_JURY 178330132 Bickmore Wendy MADS_RAPPORTEUR_1 05022655X Giorgetti Luca MADS_RAPPORTEUR_2 242532071 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:570 Sexton Thomas Sumara Izabela Bickmore Wendy Giorgetti Luca École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 18317942