Augmentation de données pour l'analyse d'images histopathologiques : approches par génération d'images et déformations spatiales pour la segmentation de glomérules
Langue Français
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Auteur : Allender, Florian
Date de soutenance : 30-11-2022

Directeur(s) de thèse : Wemmert, Cédric - Dischler, Jean-Michel

Président : Naegel, Benoît
Rapporteur(s) : Passat, Nicolas - Kurtz, Camille
Membre(s) du jury : Vakalopoulou, Maria

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....)
École doctorale : École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....)
 
Discipline : Informatique
Classification : Informatique, Médecine et santé

Mots-clés libres : Histopathologie numérique, Glomérules, Segmentation, Apprentissage profond, Augmentation de données, Déformations spatiales aléatoires, Réseaux génératifs adversaires, Synthèse de texture
Mots-clés :
  • Médecine -- Informatique
  • Histopathologie
  • Glomérule du rein
  • Imagerie médicale
Résumé : Dans le cadre de cette thèse, nous nous intéressons à des données histopathologiques rénales, et en particulier à la segmentation de glomérules. Ces structures sont complexes et comportent de multiples sous-structures rendant leur segmentation automatique particulièrement difficile. Notre objectif est d'améliorer la segmentation automatique de glomérules dans des coupes complètes en utilisant un CNN de type U-Net. L'entraînement d'un tel modèle nécessite une grande quantité d'images annotées. Or, dans notre contexte, le nombre d'images annotées disponibles est de l'ordre de quelques centaines seulement, ce qui pose la question des augmentations de données. Nous proposons d'étudier l'application et l'impact d'augmentations de deux types. Nous étudions premièrement les variations géométriques, introduites à l'aide de déformations spatiales aléatoires. Deuxièmement, nous étudions les variations de texture, introduites à l'aide de méthodes de synthèse de texture et de modèles génératifs.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2022STRAD017
Type de ressource : Thèse