Note ABES Highlighting causalities between genes identified by next generation sequencing and rare diseases with oral expressions : application to the creation of new diagnostic tools Mise en évidence des causalités entre gènes identifiés par séquençage nouvelle génération et maladies rares à expressions orales : application à la création de nouveaux outils de diagnostic Maladies rares Anomalies dentaires Séquençage nouvelle génération Exome Diagnostic moléculaire Variant de signification incertaine Modèles cellulaires Organoïdes Rare diseases Dental anomalies Next generation sequencing Exome sequencing Diagnostic Variant of uncertain significance Cell models Organoids 617.6 Maladies rares Diagnostic Maladies buccales Génétique Malformations dentaires Les maladies rares touchent moins d'une personne sur 2 000 chacune. Parmi elles, plus de 900 ont des manifestations bucco-dentaires qui ont pour particularité d’être de véritables marqueurs diagnostiques. Peu de gènes sont spécifiques à l’odontogenèse et sont souvent impliqués dans des processus de développement plus larges. Notre objectif est de réduire l'errance diagnostique des patients par la conception, la recherche et la mise en œuvre de nouveaux outils diagnostiques. Le panel GenoDENT, interroge actuellement 567 gènes connus et candidats dans les maladies bucco-dentaires. Soit les résultats conduisent au diagnostic moléculaire, soit les patients sont redirigés vers un exome conduisant à la découverte de gènes importants pour l'odontogenèse. L'analyse génétique identifie des variants de signification incertaine (VSI) et des nouveaux gènes candidats. Afin d'élucider leur pathogénicité dans les anomalies dentaires de structure, des essais in vitro sur des cultures cellulaires 2D et organotypiques 3D, utilisant des lignées cellulaires de type odontoblastes et améloblastes, issues de l’homme et la souris, ont été mis en place. Ce système in vitro facilitera la sélection et évaluation des variants pathogènes, afin d’améliorer le rendu diagnostic aux patients et une prise en charge adaptée. Rare diseases affect less than one person out of 2,000 each. Among them, 900 diseases have manifestations in the oral cavity, in particular dental anomalies, which are real diagnostic markers. Very few genes are exclusively specific to odontogenesis and are often involved in larger developmental processes. Our aim is to reduce patient and families' diagnostic wandering through the design of new diagnostic tools using next-generation sequencing (NGS) technics, in research and applied medical approaches. GenoDENT panel interrogates currently 567 known and candidate genes in oro-dental diseases. Results can lead to diagnosis, otherwise negative molecular results lead to exome sequencing assessment, giving place to identify other important genes for odontogenesis. Genetic analysis identify variants of uncertain significance (VUS) and new candidate genes. To unravel the pathogenicity of these new genes and VUS involved in structural dental anomalies, in vitro essays on 2D cell culture and 3D organoids culture, using mouse and human odontoblast-like and ameloblast-like cells were developed. This in vitro system will facilitate the selection and evaluation of pathogenic variants, in the way to improve the diagnostic rendering and personalized patient management. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 426289502 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2022/REY_Tristan_2022_ED414.pdf http://www.theses.fr/2022STRAJ074/abes https://theses.hal.science/tel-05004828 https://theses.hal.science/tel-05004828 https://theses.hal.science/tel-05004828 Rey Tristan 1991-06-25 FR 283922443 0602016803R 21923847 4200047 https://theses.fr/2022STRAJ074 2022STRAJ074 https://doi.org/10.70675/a1d80636za0a2z4197za109zf213f05fdc2d 2022-11-28 Aspects moléculaire et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Bloch-Zupan Agnès MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 081874340 Poch Olivier MADS_PRESIDENT_DU_JURY 070441553 Klein Ophir MADS_RAPPORTEUR_1 182434737 Gaucher Céline MADS_RAPPORTEUR_2 177430044 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:610 Bloch-Zupan Agnès Poch Olivier Klein Ophir Gaucher Céline École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 426289502