Note ABES Étude de la structure de la région 5’ terminale de l’ARN génomique du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 et des réarrangements induits par Gag et ses produits de maturation Structural study of the 5’ region of human immunodeficiency virus type 1 genomic RNA and the rearrangements induces by Gag and its maturation products VIH-1 ARNg Pr55Gag Cartographie chimique Structure ARN Interaction ARN-protéine HIV-1 GRNA Pr55Gag Chemical probing RNA structure RNA-protein interaction 572.8 Interactions ARN-protéine Protéines virales Infections à VIH Aspect moléculaire ARN viral La région 5’ terminale de l’ARN génomique (ARNg) du virus l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) régule de nombreuses étapes du cycle viral via les structures complexes qu’elle adopte. Lors des étapes tardives, un dimère d’ARNg est spécifiquement sélectionné par des protéines Pr55Gag pour être encapsidé dans les particules virales. Ces particules subissent une maturation protéolytique et génomique qui permet l’acquisition de l’infectivité virale. Cependant, les structures tridimensionnelles adoptées par l’ARNg et le déroulement de la maturation au niveau génomique restent majoritairement inexplorées à ce jour. Lors de ma thèse, j’ai étudié l’impact de différentes protéines, impliquées dans l’étape de maturation et contenant le domaine de nucléocapside, sur la structure de la région 5’ de l’ARNg. Cette étude a été réalisée par une approche de cartographie chimique hSHAPE, in vitro et elle m’a permis d’identifier des réarrangements structuraux induits par la fixation des protéines. J’ai également développé une approche de cartographie chimique multidimensionnelle, le MOHCA-seq, afin de mettre en évidence les repliements à longue distance structurant l’ARNg du VIH-1. Cette approche a requis de nombreuses optimisations qui m’ont finalement permis de l’appliquer à l’étude de la région 5’ terminale de l’ARNg du VIH-1. The 5’ terminal region of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) genomic RNA (gRNA) regulates many steps of the viral cycle via the complex structures it adopts. During the late stages, a gRNA dimer is specifically selected by Pr55Gag proteins to be packaged into nascent viral particles. These particles undergo proteolytic and genomic maturation that allows the acquisition of viral infectivity. However, the 3D structures adopted by the gRNA and the maturation process at the genomic level remain largely unexplored to date. During my thesis, I was interested in characterizing the impact of various nucleocapsid containing proteins involved in the maturation step, on the structure of the 5’ region of the gRNA. This study was carried out by a chemical mapping approach of hSHAPE, in vitro, and it allowed me to identify several structural rearrangements induced by protein binding. I also developed a multidimensional chemical mapping approach MOHCA-seq, in order to identify long distance interactions structuring HIV-1 gRNA. This approach required many optimizations that finally allowed me to apply it to the study of the 5’ terminal region of HIV-1 gRNA. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 174987493 Université de Strasbourg Strasbourg 2023-12-31 https://theses.hal.science/tel-04416392 application/pdf 51289484 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2022/GILMER_Orian_2022_ED414.pdf http://www.theses.fr/2022STRAJ126/abes https://theses.hal.science/tel-04416392 https://theses.hal.science/tel-04416392 https://theses.hal.science/tel-04416392 https://theses.hal.science/tel-04416392 https://theses.hal.science/tel-04416392 Gilmer Orian 1995-05-15 FR 270999345 1506021026B 21507732 4200047 https://theses.fr/2022STRAJ126 2022STRAJ126 https://doi.org/10.70675/57a498a5z1ac7z4e9czb179ze09f1dd2ea6e 2022-11-30 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Vivet-Boudou Valérie MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 145317803 Friant Sylvie MADS_PRESIDENT_DU_JURY 139008217 Rocquigny Hugues de MADS_RAPPORTEUR_1 129525073 Sargueil Bruno MADS_RAPPORTEUR_2 111589428 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg ; 1992-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157545687 93780 ddc:570 Vivet-Boudou Valérie Friant Sylvie Rocquigny Hugues de Sargueil Bruno École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg) PDF 174987493 confidentialité 2022-11-30 2023-12-01 confidentialité 2022-11-30 2023-12-01 restriction 2022-11-30 2023-12-01 confidentialité 2022-11-30 2023-12-01 confidentialité 2022-11-30 2023-12-01