Développement de méthodes d'analyse protéomique et phosphoprotéomique à haut débit et leur application pour la recherche de biomarqueurs de pathologies sur de larges cohortes
Development of high throughput proteomic and phosphoproteomic analytical methods and their application for pathologies' biomarker discovery on large cohorts
Protéomique
Spectrométrie de masse
Phosphoprotéomique
Acquisition indépendante des données (DIA)
Multi-omique
Proteomics
Mass spectrometry
Phosphoproteomics
Data independant acquisition (DIA)
Multi-omics
543
Protéomique
Spectrométrie de masse
L’analyse protéomique par spectrométrie de masse permet l’identification, la quantification et la caractérisation structurale des protéines impliquées dans de nombreux processus biologiques. Cette approche peut également être appliquée à l’étude des modifications post-traductionnelles des protéines, telle que la phosphorylation. Ce travail de thèse est axé sur le développement de méthodes analytiques pour l’analyse protéomique et phosphoprotéomique à haut débit. Ces développements ont été réalisés à différents niveaux : la préparation automatisée des échantillons, l’analyse LC-MS/MS avec l’évaluation de différentes méthodes d’acquisition et le traitement des données par diverses solutions algorithmiques. Ils ont ensuite été appliqués pour l’étude de large cohortes d’échantillons cliniques dans le but d’identifier et quantifier de potentiels marqueurs de la sclérose latérale amyotrophique. Enfin, des échantillons et métriques de contrôle qualité ont été implémentés à la fois pour l’analyse protéomique et phosphoprotéomique adaptés à des études de grands nombres d’échantillons.
Mass spectrometry-based proteomic analysis enables the identification, quantification and structural characterisation of proteins involved in numerous biological processes. This approach can also be applied to the study of post-translational modifications of proteins, such as phosphorylation. This PhD work focuses on the development of analytical methods for high-throughput proteomic and phosphoproteomic analysis. Developments were carried out at different levels: automated sample preparation, LC-MS/MS analysis with the evaluation of different acquisition methods and data processing using various algorithmic solutions. They have then been applied to the study of large cohorts of clinical samples with the aim of identifying and quantifying potential markers of amyotrophic lateral sclerosis. Finally, samples and quality control metrics have been implemented for both proteomic and phosphoproteomic analysis adapted to studies of large numbers of samples.
Electronic Thesis or Dissertation
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en
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19744774
Université de Strasbourg
Strasbourg
2023-12-31
https://theses.hal.science/tel-05023463
application/pdf
19667549
https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2023/Gebelin_Marie_2023_ED222.pdf
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Gebelin
Marie
1997-07-17
FR
273444123
1508022057K
21511771
4200003
https://theses.fr/2023STRAF041
2023STRAF041
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2023-09-29
Chimie analytique
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
oui
Carapito
Christine
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Schaeffer-Reiss
Christine
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Pineau
Charles
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Pflieger
Delphine
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Pineau
Charles
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Hirtz
Christophe
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École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
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Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
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Carapito
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Christine
Pineau
Charles
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Delphine
Pineau
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Hirtz
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École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
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19744774
confidentialité 2023-09-29 2025-03-30
confidentialité 2023-09-29 2025-03-30
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