Note ABES Développement de stratégies analytiques et bioinformatiques en spectrométrie de masse pour la caractérisation des protéines thérapeutiques et de leurs impuretés Development of analytical and bioinformatics strategies in mass spectrometry for the characterization of therapeutic proteins and their impurities Spectrométrie de masse (MS) Analyse protéomique quantitative Protéine intacte Protéines de la cellule hôte (HCP) Anticorps monoclaux thérapeutiques Mass spectrometry (MS) Quantitative proteomics analysis Intact protein Host cell protein (HCPs) Therapeutic monoclonal antibodies 547 Spectrométrie de masse Anticorps monoclonaux Chimie analytique La spectrométrie de masse est une technique de choix pour la caractérisation des protéines. L’objectif de cette thèse a été de développer des stratégies analytiques et bioinformatiques en spectrométrie de masse pour l’analyse des protéines thérapeutiques et de leurs impuretés. Dans un premier temps, de ce travail a été axé sur l’optimisation de méthodes MS en protéomique quantitative et sur l’évaluation de stratégies bioinformatiques innovantes pour le traitement des données. Dans une deuxième partie, ces approches ont été appliquées pour la quantification précise de protéines de la cellule hôte présentes à l’état de traces dans des produits médicamenteux. La troisième partie de cette thèse a porté sur le développement de stratégies « top-down » et « middle-down » combinant de multiples techniques de fragmentation pour l’analyse de protéines intactes, et a souligné l’importance d’employer un traitement de données adapté pour assurer la pertinence des résultats obtenus. Enfin, ces stratégies ont été utilisées pour la caractérisation complète d’un anticorps conjugué thérapeutique.Ce travail a démontré le fort intérêt de la spectrométrie de masse pour l’analyse de protéines thérapeutiques et de leurs impuretés. Mass spectrometry has been a technique of choice for the characterization of proteins. This Ph.D. work aims to develop analytical and bioinformatics strategies in mass spectrometry to analyze therapeutic proteins and their impurities.The first part of this work focused on optimizing mass spectrometry methods for quantitative proteomics and evaluating innovative bioinformatics strategies for data processing. The second part applied these approaches to quantifying host cell proteins present at trace levels in drug products precisely. The third part of this thesis focused on developing "top-down" and "middle-down" strategies combining multiple fragmentation techniques to analyze intact proteins. It also highlighted the importance of employing suitable data processing to ensure the relevance of the results obtained. Finally, these strategies were used to characterize a therapeutic antibody-drug conjugate comprehensively. This work has demonstrated a strong interest in mass spectrometry for analyzing therapeutic proteins and their impurities. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 71746096 Université de Strasbourg Strasbourg 2024-12-31 https://theses.hal.science/tel-04864668 application/pdf 20154503 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2023/Beaumal_Corentin_2023_ED222.pdf http://www.theses.fr/2023STRAF046/abes https://theses.hal.science/tel-04864668 https://theses.hal.science/tel-04864668 Beaumal Corentin 1997-04-18 FR 274436841 1708030853A 21715834 4200003 https://theses.fr/2023STRAF046 2023STRAF046 https://doi.org/10.70675/b4de76fdzfe78z44f1za92cz682fd771c1cb 2023-10-20 Chimie analytique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Carapito Christine MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 135428866 Ferro Myriam MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 157627985 Hernandez Alba Oscar MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 182478238 Bones Jonathan MADS_RAPPORTEUR_1 274438399 Marcoux Julien MADS_RAPPORTEUR_2 144270706 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 222 156504081 Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 93777 157760502 ddc:540 Carapito Christine Ferro Myriam Hernandez Alba Oscar Bones Jonathan Marcoux Julien École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) PDF 71746096 confidentialité 2023-10-20 2024-12-31 confidentialité 2023-10-20 2024-12-31 restriction 2023-10-20 2024-12-31 confidentialité 2023-10-20 2024-12-31 confidentialité 2023-10-20 2024-12-31