Note ABES Développements méthodologiques et combinaisons d'approches de spectrométrie de masse structurale pour la caractérisation de complexes multi-protéiques Methodological developments and combinations of structural mass spectrometry approaches for characterisation of multi-protein complexes Spectrométrie de masse structurale Échange hydrogène/deuterium Pontage chimique Spectrométrie de masse native Photométrie de masse Systèmes protéiques complexes Stratégies bio-informatiques Structural mass spectrometry Hydrogen/deuterium exchange Cross-linking Native mass spectrometry Mass photometry Complex protein systems Bioinformatic strategies 543 Spectrométrie de masse Deutérium Hydrogène Photométrie Bioinformatique Chimie analytique Ce travail de thèse porte sur des développements et optimisations de méthodes de spectrométrie de masse (MS) structurale, le pontage chimique (XL) et l’échange H/D (HDX) suivi par MS, pour la caractérisation de différents systèmes protéiques. L’apport de la mobilité ionique en HDX-MS a notamment pu être déterminé et un protocole de XL-MS avec des agents pontants MS clivables a été mis en place au laboratoire. Les stratégies bio-informatiques du traitement des données des deux techniques ont été évaluées. Ces développements ont ensuite été appliqués à la caractérisation structurale de différents complexes protéiques impliquant des récepteurs nucléaires, des protéines membranaires, des protéines arginines méthyltransférase et enfin des assemblages impliquant des protéines AAA+. Des approches de MS native et de photométrie de masse ont également été employées dans le but de compléter les informations obtenues en HDX-MS et XL-MS. This PhD thesis focuses on the development and optimisation of structural mass spectrometry (MS) methods for the characterisation of different protein systems. Two structural MS approaches were developed with chemical cross-linking (XL) and H/D exchange (HDX) followed by MS. In particular, the contribution of ion mobility in HDX-MS could be determined and an XL-MS protocol with cleavable MS cross-linker was set up in the laboratory. The bioinformatics strategies for data processing of both techniques were evaluated. These developments were then applied to the structural characterisation of different protein complexes with nuclear receptors, membrane proteins, arginine methyltransferase proteins and finally assemblies involving AAA+ proteins. Native MS and mass photometry approaches were also used to complement the information obtained in HDX-MS and XL-MS. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 49212559 Université de Strasbourg Strasbourg 2024-12-31 https://theses.hal.science/tel-04864725 application/pdf 31421490 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2023/Ley_Marie_2023_ED222.pdf http://www.theses.fr/2023STRAF076/abes https://theses.hal.science/tel-04864725 https://theses.hal.science/tel-04864725 Ley Marie 1996-12-13 FR 278313701 1507022961L 21405115 4200003 https://theses.fr/2023STRAF076 2023STRAF076 https://doi.org/10.70675/0d3c9a43z6026z4fb7z83bdz01acd2cd440d 2023-07-06 Chimie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Cianférani-Sanglier Sarah MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 070341222 Cavarelli Jean MADS_PRESIDENT_DU_JURY 032175167 Marcoux Julien MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 144270706 Manival Xavier MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 172155002 Bechara Chérine MADS_RAPPORTEUR_1 167836927 Redeker Virginie MADS_RAPPORTEUR_2 181281988 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 222 156504081 Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 93777 157760502 ddc:540 Cianférani-Sanglier Sarah Cavarelli Jean Marcoux Julien Manival Xavier Bechara Chérine Redeker Virginie École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....) PDF 49212559 confidentialité 2023-07-06 2024-12-01 confidentialité 2023-07-06 2024-12-01 restriction 2023-07-06 2024-07-06 confidentialité 2023-07-06 2024-12-01 confidentialité 2023-07-06 2024-12-01