Note ABES AquADN : l’ADN environnemental comme descripteur des plantes aquatiques et indicateur environnemental Environmental DNA : a plant diversity and environmental indicator for freshwater ecosystems ADN environnemental Plantes aquatiques Metabarcoding Milieux lotiques Marqueur Amorces ITS RbcL TrnL Environmental DNA Freshwater plants Metabarcoding Lotic ecosystems Markers Primers ITS RbcL TrnL 581.7 577 ADN environnemental Plantes aquatiques Métabarcoding Marqueurs génétiques L'utilisation des méthodes ADN environnemental (ADNe) pour l’identification des macro-organismes a connu un grand essor ouvrant de nouvelles perspectives en permettant l’identification d’espèces à partir de différentes matrices environnementales. Le metabarcoding, permettant la détection simultanée d’espèces dans un même échantillon, trouve des applications croissantes en écologie pour le suivie des communautés animales et végétales. Cependant, son utilisation dans l’étude des plantes reste limitée en raison de verrous méthodologiques importants détaillés dans ce travail de thèse. D’abord, nous relevons un des principaux obstacles : le choix des marqueurs génétiques et d’amorces. A partir des résultats dégagés nous réalisons une étude comparative entre des relevés de terrain et l’approche metabarcoding multi-marqueur dans des rivières de tête de bassin. Dans une preuve de concept, le metabarcoding est ensuite utilisé pour identifier la végétation composant le socio-hydrosystème Rhénan entre Bâle et Strasbourg. Enfin, nous discutons de l’intégration de ces éléments dans les futurs développements de la méthode. The application of environmental DNA (eDNA) methods for the identification of macro-organisms has witness substantial progress, offering novel prospects through the facilitation of species identification from diverse environmental matrices (water, soil, etc.). Metabarcoding, enabling simultaneous detection of species in a single sample, is finding increasing applications in ecology for monitoring animal and plant communities. However, its application in plant studies remains limited due to significant methodological challenges detailed in this thesis. Firstly, we address one of the major obstacles: the selection of genetic markers and primers. We then conducted a comparative study between a multi-marker metabarcoding approach and field floristic surveys along oligotrophic headwater rivers. In a proof-of-concept study, the method is then used to identify the plant community within the socio-hydrosystem of the Rhine between Basel and Strasbourg. Finally, we discuss the integration of these elements in future methodological developments, as well as ongoing projects aimed at addressing these advancements. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 5048416 Université de Strasbourg strasbourg 2024-12-31 application/pdf 55362268 https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2023/Espinosa_Prieto_Armando_2023_ED413.pdf http://www.theses.fr/2023STRAH005/abes Espinosa-Prieto Armando 1996-01-24 FR 257436987 0810034332A 21401753 4200047 https://theses.fr/2023STRAH005 2023STRAH005 https://doi.org/10.70675/fc5ea0c9zfad4z4253za6cbz6037ae8ad5ba 2023-11-16 Sciences de la Terre et de l'Environnement Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Beisel Jean-Nicolas MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 146182022 Bernier François MADS_PRESIDENT_DU_JURY 223841668 Hardion Laurent MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 180487558 Meglécz Emese MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 240934016 Coissac Éric MADS_RAPPORTEUR_1 154023213 Leese Florian MADS_RAPPORTEUR_2 278442684 École doctorale des Sciences de la Terre et Environnement (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 15650166X Laboratoire image, ville et environnement (Strasbourg ; 2009-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157680371 441830 ddc:580 ddc:570 Beisel Jean-Nicolas Bernier François Hardion Laurent Meglécz Emese Coissac Éric Leese Florian École doctorale des Sciences de la Terre et Environnement (Strasbourg ; 2000-....) Laboratoire image, ville et environnement (Strasbourg) PDF 5048416 confidentialité 2023-11-16 2024-11-16 confidentialité 2023-11-16 2024-11-16 restriction 2023-11-16 2033-10-05 restriction 2023-11-16 2033-10-05 confidentialité 2023-11-16 2024-11-16