Modélisation de la diffusion moléculaire dans le noyau et son rôle dans la régulation des gènes
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 17/03/2024.
  • Thèse soumise à l'embargo de l'auteur jusqu'au 17/03/2024 (communication intranet).
 
Auteur : Amaral de Oliveira, Karen
Date de soutenance : 17-03-2023

Directeur(s) de thèse : Molina, Nacho

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Biologie des systèmes
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Recherche par les FTs, Interactions Protéine-Protéine, Recrutement de l’ARNP, Exportation d'ARNm, Modèle mathématique, Structure de la chromatine
Mots-clés :
  • Facteurs de transcription
  • Transcription génétique
  • Interactions protéine-protéine
Résumé : La diffusion des facteurs de transcription (FTs) dans le noyau joue un rôle crucial dans la régulation transcriptionnelle. La recherche par les TF d'une séquence d'ADN spécifique est l'un des principaux facteurs de l'expression des gènes. Ainsi, les interactions entre deux FTs dues à de faibles interactions protéine-protéine (IPPs) forment des clusters de FTs, influençant leur occupation à un site cible particulier. Pour comprendre comment la structure 3D de la chromatine affecte l'agglutination des FTs, nous avons proposé un modèle pour traduire la présence des IPPs dans le noyau et vérifié comment l'agglutination affecte l'allocation des FTs, en considérant la diffusion 3D/1D comme notre mécanisme de recherche. Ensuite, une fois qu'un FT est lié à une région, il recrute l'ARN polymérase (ARNP). En outre, les FTs inductibles restent dans le cytoplasme et translocation dans le noyau par le biais du complexe du pore nucléaire (CPN) après une signalisation appropriée. Afin d'intégrer ces mécanismes, nous avons proposé un autre modèle pour comprendre la dynamique de recherche des TF et de recrutement de l'ARNP. Nous avons obtenu des solutions déterministes et stochastiques vérifiant comment la transcription est renforcée à la périphérie du CPN et confirmée par l'analyse d'imagerie de gènes spécifiques. Enfin, nous avons incorporé le processus d'exportation de l'ARNm pour vérifier les différentes concentrations de transcrits cytoplasmiques, prouvant ainsi que le volume d'ARNm disponible dépend également du CPN. Par conséquent, notre travail montre des liens pertinents entre la structure de la chromatine, l'allocation des ressources transcriptionnelles et la stochasticité de la régulation des gènes.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2023STRAJ006
Type de ressource : Thèse