Note ABES Landscaping proteomes with ProFeatMap : a visual expedition into protein interaction, architecture, evolution and misannotation Panorama de protéomes avec ProFeatMap : une expédition visuelle des interactions, de l’architecture, de l’évolution et des erreurs d’annotation des protéines Architecture des protéines Visualisation Data mining Domaines Repeats Protein architecture Visualization Data mining Domains Repeats 572.6 572.8 Protéome Protéomique Bioinformatique Avec l'importance croissante des technologies omiques au cours des dernières décennies, et la quantité toujours plus grande de données disponibles sur les protéines, la nécessité d'outils d'exploration globale émerge. Dans cette thèse, j'ai introduit de nouvelles approches pour la représentation des données, conduisant à la génération de nouvelles connaissances à partir de bases de données existantes. Basé sur l'expérience du traitement des données d'interaction, j'ai proposé de multiples représentations alternatives à celle utilisée classiquement par notre équipe. Ma principale contribution dans cette thèse a été le développement de ProFeatMap, un site web librement accessible et un programme opensource qui aidera les chercheurs à identifier des points d'intérêt encore inconnus dans leurs projets et fournira des outils pour les étudier. En outre, j'ai initié la création de panoramas, une collection de cartes synthétiques en 2D qui représentent les familles domaines et de repeats les plus récurrentes à travers les organismes. J'ai également introduit le concept de cartes miroir conçues pour faciliter les comparaisons visuelles entre plusieurs organismes. Enfin, j'ai proposé plusieurs méthodes qui intègrent ProFeatMap et des outils externes pour identifier les annotations manquantes et rectifier les annotations existantes. With the rising importance of omic technologies in the last decades, and the ever growing quantity of data available on proteins, the necessity of global exploration tools emerges. In this thesis, I introduced novel approaches for data representation, leading to the generation of new insights from existing databases. Based on the experience of curating interaction data, I proposed multiple alternative representations to the one used classically by our team. My main contribution in this thesis was the development of ProFeatMap, a freely accessible website and open-source program that will help researchers identify yet overlooked points of interest in their projects and provide tools to investigate them. Furthermore, I initiated the creation of panoramas, a collection of synthetic 2D maps that represent most recurrent domains and repeat families across organisms. I also introduced the concept of mirrored maps designed to facilitate visual comparisons among multiple organisms. Finally, I proposed multiple methods that integrate ProFeatMap and external tools to identify missing annotations and rectify existing ones. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 260484035 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2023/BICH_Goran_2023_ED414.pdf http://www.theses.fr/2023STRAJ149/abes https://theses.hal.science/tel-05387217 https://theses.hal.science/tel-05387217 https://theses.hal.science/tel-05387217 Bich Goran 1994-02-18 FR 273246038 1505014214R 21303463 4200047 https://theses.fr/2023STRAJ149 2023STRAJ149 https://doi.org/10.70675/ae00f742z99c5z4e3dza28fz504318f0e477 2023-12-14 Bioinformatique et biologie des systèmes Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Travé Gilles MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 060911735 Nominé Yves MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 074333216 Thompson Julie MADS_PRESIDENT_DU_JURY 118701290 Davey Norman MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 292180772 Ivarsson Ylva MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 259254673 Luck Katja MADS_RAPPORTEUR_1 168733005 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 155263749 93800 ddc:570 Travé Gilles Nominé Yves Thompson Julie Davey Norman Ivarsson Ylva Luck Katja École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg) PDF 260484035