Développement et optimisation de méthodes hautes performances pour l’analyse protéomique quantitative : application à la découverte de biomarqueurs pour le diagnostic précoce de la sclérose en plaques
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 31/05/2025.
  • AccŽs réservé à l'ensemble de la communauté universitaire jusqu'au 31/12/2025 (communication intranet).
 
Auteur : Rijal, Jeewan Babu
Date de soutenance : 17-05-2024

Directeur(s) de thèse : Carapito, Christine

Président : Romby, Pascale
Rapporteur(s) : Guerrera, Chiara - Marin, Philippe
Membre(s) du jury : Schaeffer-Reiss, Christine - Schmit, Pierre-Olivier

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chimie analytique
Classification : Chimie, minéralogie, cristallographie

Mots-clés libres : Spectrométrie de masse, Analyse protéomique quantitative, DiaPASEF, Analyse différentielle, Recherche de biomarqueurs, Immunopeptidomique
Mots-clés :
  • Spectrométrie de masse
  • Protéomique - Analyse
  • Marqueurs biologiques
  • Chimie analytique
Résumé : De récentes et importantes innovations instrumentales, analytiques et bioinformatiques permettent aujourd’hui à l’analyse protéomique par spectrométrie de masse (MS) d'atteindre des niveaux de sensibilité et de couverture du protéome jamais atteints auparavant, ce qui laisse entrevoir de nouveaux espoirs pour la découverte de biomarqueurs de pathologies.Ce travail de doctorat se concentre sur le développement et l'optimisation de méthodes enprotéomique, incluant la préparation des échantillons et leur automatisation, la mise au point de méthodes d'acquisition MS utilisant des modes diaPASEF sur un instrument timsTOF de dernière génération et enfin l'évaluation de stratégies d'interprétation des données adaptées. Les méthodes optimisées ont ensuite été appliquées et ont permis d’identifier 46 candidats biomarqueurs robustes pour la sclérose en plaques, au travers de divers types d'échantillons sur un modèle murin et des fluides corporels humains. Huit de ces biomarqueurs ont été validés avec succès par ELISA, soulignant la pertinence des méthodes développées.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2024STRAF015
Type de ressource : Thèse