Note ABES From lipid-mediated molecular interactions to a synergistic antimicrobial activity : a study of PGLa and magainin 2 amphipathic peptides using NMR spectroscopy and in silico molecular dynamics simulations Des interactions moléculaires médiées par les lipides à une activité antimicrobienne synergique : une étude des peptides amphipathiques PGLa et Mag2 par spectroscopie RMN et simulations de dynamique moléculaire in silico Peptide antimicrobien RMN MD Structure Dynamique Interaction membranaire Modélisation Hélice amphipathique Antimicrobial peptide NMR MD Structure Dynamics Membrane interaction Modeling Amphipathic helix 570 Peptides antimicrobiens Résonance magnétique nucléaire Dynamique PGLa et magainin 2 sont deux peptides amphiphiles, avec une activité antimicrobienne synergique. Nous avons étudié la structure et la dynamique de ces peptides, ainsi que leurs interactions avec les membranes. Par spectroscopie RMN en phase solide et liquide nous avons obtenu des informations sur la structure de PGLa dans un environnement hydrophobe.Un modèle 3D de PGLa en micelles a été construit, et différentes populations de PGLa en bicouche lipidique on été identifiées. Des simulations de MD ont permis d'étudier l'interaction de PGLa et magainin 2 entre eux et avec avec la membrane. Nous en avons déduis un mode de recrutement de ces peptides, et une forme d’interaction avec elle, en « clusters ». Nous avons aussi trouvé un modèle d’insertion de ces peptides dans la membrane : le « flip », et montré le rôle des lysines de PGLa pour toutes ces actions, et nous avons muté ces résidus en arginine pour comparer d’un point de vue structural, dynamique et antimicrobien. PGLa and magainin 2 are two amphiphilic peptides that exhibit synergistic antimicrobial activity. The structure, dynamics, and interactions of these peptides with membranes were studied. Solid-phase and liquid-phase NMR spectroscopy provided information on the structure of PGLa in a hydrophobic environment. A 3D model of PGLa in micelles was constructed, and different populations of PGLa in lipid bilayers were identified. MD simulations were used to investigate the interaction of PGLa and magainin 2 with each other and with the membrane. A mode of recruitment of these peptides, as well as a form of interaction with it, in 'clusters' was deduced. Additionally, a model for the insertion of these peptides into the membrane, known as the 'flip', was discovered. The role of PGLa lysines in these actions was also demonstrated, notably by mutating these residues to arginine for structural, dynamic, and antimicrobial comparison. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 191452634 Université de Strasbourg Strasbourg 2024-12-31 https://theses.hal.science/tel-04684967 application/pdf 191336913 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2024/Gebus_Adrien_2024_ED222.pdf http://www.theses.fr/2024STRAF017/abes https://theses.hal.science/tel-04684967 https://theses.hal.science/tel-04684967 Gebus Adrien 1997-06-01 FR 279939027 1208027374H 22023550 4200003 https://theses.fr/2024STRAF017 2024STRAF017 https://doi.org/10.70675/f258853fza4e4z4ad2zbf06z483ca3523e70 2024-04-22 Chimie biologique et thérapeutique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Bechinger Burkhard MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 079119719 D'Amelio Nicola MADS_PRESIDENT_DU_JURY 265037395 Potier Noëlle MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 241812674 Sizun Christina MADS_RAPPORTEUR_1 184765625 Dauchez Manuel MADS_RAPPORTEUR_2 069370974 École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 222 156504081 Institut de chimie (Strasbourg ; 2005-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 93761 15677738X ddc:570 Bechinger Burkhard D'Amelio Nicola Potier Noëlle Sizun Christina Dauchez Manuel École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) Institut de chimie (Strasbourg ; 2005-....) PDF 191452634