Note ABES Développement de nouvelles sondes fluorescentes pour la détection et l’analyse de bactéries en milieux complexes Development of new fluorescent probes for the detection and analysis of bacteria in complex media Bactéries Fluorescence Sondes fluorogènes Squaraine Nile red Peptide antimicrobien Détection Cytométrie en flux Bacteria Fluorescence Fluorogenic probes Squaraine Nile red Antimicrobial peptide Detection Flow cytometry 572 Bactéries Fluorescence Peptides antimicrobiens Cytométrie de flux Les sondes fluorescentes sont un outil puissant pour la détection et l’étude des bactéries. Cette thèse a eu pour objectif de concevoir de nouvelles sondes fluorescentes pour le marquage et la détection des bactéries dans des échantillons d’urines. Nous avons étendu le domaine d’application des sondes dimériques fluorogènes « turn-on » au marquage des bactéries. Plusieurs sondes ont été synthétisées pour optimiser leurs interactions avec les bactéries et ont montré des résultats encourageants pour la détection des bactéries dans les urines. Puis, nous avons conçu une sonde peptidique fluorogène et solvatochrome en introduisant le fluorophore Nile Red dans la séquence d’un peptide antimicrobien selon différentes stratégies. Une approche combinant l’analyse par cytométrie en flux et le calcul d’un coefficient de polarisation des intensités de fluorescence mesurées dans deux canaux a été utilisée pour d’exploiter le caractère solvatochrome et fluorogène de notre sonde. Nos résultats suggèrent que la sonde et cette approche peuvent être utilisées pour analyser des changements subtils dans les enveloppes bactériennes en réponse à une pression extérieure. Fluorescent probes represent powerful tools for the detection of bacteria and the understanding of their inner workings. At first, this thesis aimed to develop new fluorescent probes for the labeling and the detection of bacteria in urine samples. We showed that the concept of dimeric “turn-on” probes which emit upon binding to their target could be used to stain bacteria in urine samples. A series of dimeric probes were synthesized in order to improve their ability to label bacteria and showed promising results. Next, we designed bacteria-targeting fluorogenic peptides that differed by the attachment site of the environmentally sensitive Nile Red dye. To take advantage of the fluorogenic and solvatochromic properties of our probe, we adapted flow cytometry analysis to calculate the generalized polarization of fluorescence of single cells. Our probe and methodology enabled monitoring of the perturbations in the bacterial cell envelope by external stress factors. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 9856306 application/pdf 9754163 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2024/Weiss_Lucille_2024_ED222.pdf http://www.theses.fr/2024STRAF060/abes Weiss Lucille 1998-06-13 FR 283446188 1509008813W 22122446 4200003 https://theses.fr/2024STRAF060 2024STRAF060 https://doi.org/10.70675/5e462cf5z1286z4bcfz8741z31ef088f9ab8 2024-10-07 Chimie biologique et thérapeutique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Bonnet Dominique MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 175826854 Gautier Arnaud MADS_PRESIDENT_DU_JURY 112025897 Karpenko Julie MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 182225925 Gautier Arnaud MADS_RAPPORTEUR_1 112025897 Guianvarc'h Dominique MADS_RAPPORTEUR_2 185784208 École doctorale des Sciences juridiques (Strasbourg ; 1992-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 057975965 Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg ; 2009-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 207869 157623483 ddc:570 Bonnet Dominique Gautier Arnaud Karpenko Julie Gautier Arnaud Guianvarc'h Dominique École doctorale des Sciences juridiques (Strasbourg ; 1992-....) Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg ; 2009-....) PDF 9856306 confidentialité 2024-10-07 2026-10-07 confidentialité 2024-10-07 2026-10-07 confidentialité 2024-10-07 2026-10-07 confidentialité 2024-10-07 2026-10-07