Note ABES Computational study of DNA methylation patterns and transcription factor binding in cancer Étude bioinformatique des profils de méthylation de l’ADN et de la liaison des facteurs de transcription dans le cancer Bioinformatique Épigénétique Méthylation de l’ADN Facteurs de transcription Régulation des gènes Bioinformatics Epigenetics DNA methylation Transcription factors Gene regulation 572.8 616.99 ADN Méthylation Facteurs de transcription Cancer Génétique La méthylation de l'ADN est une modification épigénétique importante qui régule l'expression des gènes et anti-corrèle avec l'accessibilité de la chromatine et la liaison aux facteurs de transcription. Dans le cancer, des profils de méthylation anormaux conduisent à une hyperméthylation, réprimant les gènes suppresseurs de tumeurs, ou à une hypométhylation, activant les oncogènes. Pour mieux comprendre ces altérations, nous avons développé MethyLasso, une méthode pour identifier les régions faiblement méthylées et non méthylées, les vallées non méthylées, les domaines partiellement méthylés dans une condition et les régions différentiellement méthylées entre deux conditions. Ces régions sont des sites régulateurs clés liés par des facteurs tels que des enhancers et des promoteurs. De plus, nous avons conçu une approche intégrant des motifs de facteurs de transcription, l'accessibilité de la chromatine et la méthylation pour étudier la sensibilité des facteurs à la méthylation dans divers cancers. Les résultats obtenus apportent des informations sur la relation complexe entre la méthylation de l'ADN et la liaison aux facteurs de transcription. DNA methylation is an epigenetic modification that regulates gene expression and anti-correlates with chromatin accessibility and binding to transcription factors. In cancer, abnormal methylation profiles lead to hypermethylation, repressing tumor suppressor genes, or hypomethylation, activating oncogenes. To better understand these alterations, we developed MethyLasso, a method to identify lowly methylated and unmethylated regions, unmethylated valleys, partially methylated domains within one condition, and differentially methylated regions between two conditions. These regions are key regulatory sites bound by transcription factors such as enhancers and promoters. Additionally, we developed a predictive approach integrating transcription factor motifs, chromatin accessibility, and methylation to study the sensitivity of transcription factors to DNA methylation. The results obtained during my thesis provide novel insights into the relationship between DNA methylation and transcription factor binding, offering valuable computational tools and predictions that advance our understanding of epigenetic regulation of cancer. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 46306840 http://www.theses.fr/2024STRAJ047/document https://theses.fr/2024STRAJ047/abes Balaramane Delphine 1995-10-09 FR 282563598 1506016400Y 21408401 4200047 https://theses.fr/2024STRAJ047 2024STRAJ047 https://doi.org/10.70675/d347fa24z78cbz46d5zb880z8879c79bccd1 2024-11-13 Bioinformatique Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Weber Michaël MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 078857430 Bardet Anaïs MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 244392692 Mathelier Anthony MADS_PRESIDENT_DU_JURY 154190829 Colomé-Tatché Maria MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 28256439X École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Biotechnologie et signalisation cellulaire (Strasbourg ; 2011-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157715205 207563 ddc:570 ddc:610 Weber Michaël Bardet Anaïs Mathelier Anthony Colomé-Tatché Maria École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Biotechnologie et signalisation cellulaire (Strasbourg ; 2011-....) PDF 46306840 confidentialité 2024-11-13 2027-11-13 confidentialité 2024-11-13 2027-11-13 confidentialité 2024-11-13 2027-11-13 confidentialité 2024-11-13 2027-11-13